В течение почти всей первой половины эпохи Мэйдзи японцы пребывали в явном замешательстве, сбитые с толку нововведениями в области политики, торговли, техники и системы управления. Суровым испытаниям подверглись их религиозные убеждения. На протяжении всего правления сёгуната Токугавы воинское сословие, как правило, придерживалось философии конфуцианства, в то время как народ оставался верен местным богам, синтоизму или буддизму. Четкой разницы между этими двумя религиозными системами не существовало, а после того как с течением веков между ними возник определенный синкретизм, границы окончательно расплылись. Большинство буддийских храмов располагали зданиями, предназначенными для почитания богини Аматэрасу, и наоборот. Жители деревень, не особенно разбиравшиеся в догматических тонкостях и следовавшие многовековым обычаям своей страны, в равной степени поклонялись божествам синтоизма и буддизма, осознавая (но не очень ясно), что буддизм имеет больше отношения к жизни после смерти, в то время как боги синтоизма покровительствуют самым счастливым моментам земного существования человека и его трудовым будням. Между различными религиями возник своего рода
Религиозное чувство в Японии было довольно слабым, а уровень терпимости высоким, и японцы, не заботясь особо о нравственных или философских ценностях, принимали иноземные практики и обычаи при условии, что они не пойдут вразрез с уже существующими обычаями. За исключением приверженцев буддийской школы Нитирэн, принимавших только свою линию веры и полностью отрицавших христианство, большинство последователей буддизма и традиционной религии Японии, синтоизма, довольно безразлично относились к тонкостям теологии. Религия в этой стране не была принята со всеми догмами и со всей верой (в отличие от Европы) и не претендовала, за редким исключением, на монополизацию истины. Она состояла скорее из ритуалов, чем из философии, и полагала, что боги играют каждый свою роль в жизни человека:
В течение всего периода правления сёгуната Токугавы буддизм более или менее успешно боролся с почитателями конфуцианства с единственной целью: ограничить число монахов и храмов, а народ лишь добавлял к дедовским верованиям буддийские и конфуцианские мотивы, так или иначе навязанные им правителями.