Гус был вынужден покинуть Прагу и в течение двух лет жил в замках покровительствующих ему дворян Южной и Западной Чехии. В изгнании Гус написал свою главную книгу «О Церкви», в которой выступал за полную реорганизацию структуры католической церкви, а также отрицал особое положение папы и необходимость усиления его власти. Но он никогда не отвергал церковные догматы. В эти же годы Гус завершил перевод Библии с латыни на чешский язык, заложив тем самым основу для создания чешского литературного языка.
Римский папа потребовал, чтобы Гус прибыл на церковный собор в немецком городе Констанце. Целью собора было объединить Римскую католическую церковь и прекратить Великий западный раскол, который к этому времени уже привёл к троепапству, то есть к существованию трёх пап одновременно.
Гус, получив охранную грамоту императора Сигизмунда I, решил приехать в Констанц и отстаивать перед духовенством свои взгляды. Однако в нарушение всех обязательств он был схвачен и брошен в тюрьму святой инквизиции, в которой провёл семь месяцев. Ему угрожали, его допрашивали, его уговаривали и предлагали отречься от своих взглядов и сочинений. Убедившись, что от Гуса не удастся добиться самообвинения и отречения, собор объявил его упорствующим еретиком, лишил священнического сана, отлучил от Церкви и приговорил к сожжению на костре.
Казнь Гуса была назначена на 6 июля 1415 года. В тот день состоялось самое торжественное в истории инквизиции аутодафе. Гусу дали в руки так называемую чашу искупления, и один из епископов провозгласил формулу проклятия: «О проклятый Иуда! За то, что ты покинул совет мира и перешёл в стан иудеев, мы отбираем от тебя этот сосуд искупления!» Но Гус не остался в долгу: «Я верю во всемогущего Господа Бога, во имя Которого я терпеливо сношу это унижение, и уверен, что Он не отберёт от меня Его чашу искупления, из которой я надеюсь пить сегодня в Его царстве!»
Стражники зажали ему рот руками. Семь епископов сорвали с него священническое облачение и вновь призвали его отречься. Гус заявил: «Не отрекусь!»
Прежде чем отправить осуждённого на костёр, следовало его соответствующим образом подготовить к этому «акту веры». Гусу обрезали ногти и обрили голову, а затем надели на неё шутовскую бумажную тиару, разрисованную чертями, на которой красовалась надпись «Сё ересиарх».
При этом возглавлявший процедуру епископ сказал Гусу: «Мы поручаем твою душу дьяволу!» Но Гус и тут нашёлся что ответить: «А я посвящаю свою душу самому всепрощающему Господу Иисусу Христу!»
Гуса поставили на несколько вязанок дров в заранее приготовленном для казни месте и верёвками привязали к толстому столбу. Верёвки удерживали его тело в области лодыжек, выше и ниже коленей, паха, бёдер и подмышек. И тут кто-то заметил, что Гус обращён лицом на восток. Восток же в христианской церкви является символом светлого царства Иисуса Христа. Лицом к востоку погребаются усопшие. Но так хоронят лишь истинных верующих, поэтому Гуса, как еретика, развязали, повернули лицом к западу и вновь привязали к столбу.
Когда огонь уже занялся, по одной из легенд, некая старушка подбросила в костёр вязанку хвороста. Она искренне верила, что инквизиция сжигает еретика. Гус лишь воскликнул: «Святая простота!» Эта фраза стала крылатой.
Когда костёр прогорел, произошла ещё одна ужасная и возмутительная сцена. Наполовину обуглившийся труп разрезали на кусочки, кости тщательно разрубили, а остатки и внутренности бросили в новый костёр. Когда же всё сгорело до пепла, инквизиторы специально проследили, чтобы прах еретика был выброшен в воды Рейна. Святые отцы боялись, что останки мученика Гуса будут храниться в народе как реликвия. Впоследствии Гус действительно был объявлен святым.
Иероним Пражский (ок. 1371 – 1416), чешский учёный, поддерживавший реформаторские идеи Гуса, его друг, узнав об аресте своего сподвижника, немедленно приехал в Констанц, но также был схвачен и заключён в тюрьму. Пытки и мучительное пребывание в темнице подорвали мужество Иеронима, и под давлением католических священников он отказался от своих взглядов. Но это была всего лишь временная слабость. На очередном заседании церковного собора, когда Иероним должен был подтвердить свои показания и прилюдно отречься от своих сочинений, он заявил, что никогда более не будет отказываться от своих взглядов, за которые готов умереть на костре. Он подтвердил, что является убеждённым сторонником Гуса. Церковный собор в Констанце осудил Иеронима, и 30 мая 1416 года он был сожжён.