Тем не менее лишь один из них смог стать соперником университету Саламанки: тот, что основал в Алькале де Энарес в первые годы XVI века кардинал Хименес де Сиснерос, архиепископ города Толедо и канцлер Кастилии. По своей организации и интеллектуальной ориентации этот университет явился типичным творением новых времен: в противоположность демократическому духу Саламанки его устав провозглашал авторитарную и централизованную структуру, которая выражалась в признанной власти ректора, назначавшегося архиепископом Толедо и представлявшего королевскую власть. Преподавание, исключавшее гражданское право, было ориентировано на теологию (вспомогательное средство для реформы, предпринятой Сиснеросом в испанской церкви) и на изучение классической филологии, включая древнегреческий и древнееврейский языки и филологическую критику источников. Когда в середине XVI века Мадрид, расположенный в десятке лье, превратился в столицу Испании, Алькала стала пользоваться этим соседством и привилегиями, которые жаловали ей монархи. Хлынул поток учеников, и вокруг колледжа Святого Ильдефонса, являвшегося ядром нового университета, возникали другие, строившиеся главными монашескими орденами. За полвека средневековый городишко, зажатый в тесных кирпичных стенах, стал, по словам Эразма, «сокровищницей всех наук», и его престиж воссиял не только над всей Испанией, но и за ее пределами.
Тем временем и другие университеты, не достигшие славы двух самых крупных, соперничавших друг с другом университетов, сохраняли и даже укрепляли свою жизнеспособность: Сарагоса привлекала арагонских студентов, Валенсия славилась своим преподаванием в области медицины, и даже в Кастилии, несмотря на близость Саламанки, не прекратил свое существование университет Вальядолида, превосходивший своего соседа в области изучения римского и национального права. Но большинство менее крупных университетов, вызванных к жизни энтузиазмом ренессансного гуманизма, влачило жалкое существование. Ученые степени, которые здесь присваивались за более низкую плату, чтобы привлечь студентов, обесценились, а три деревенских (
Разнообразие происхождения университетов — учреждение по инициативе епископа или короля, муниципальных властей или частных лиц — проявилось в отсутствии единообразия их внутренней организации. Тем не менее из-за сильного влияния традиции преподавание повсюду было аналогичным и практиковалась одна и та же иерархия ученых степеней. Кроме того, университет Саламанки, как один из старейших, продолжал пользоваться моральным авторитетом, и некоторые элементы его структуры, спонтанно или по королевскому указу, были распространены на другие учебные центры. Впрочем, в этом университете, из-за притока учащихся со всех концов Испании, по-прежнему было и самое большое количество студентов: свыше семи тысяч в 1584 году, тогда как в более аристократической Алькале в период ее наивысшего расцвета эта цифра не превышала двух тысяч. По совокупности этих причин Саламанка определяла стиль университетской жизни в стране, и «студент университета Саламанки», видимо, и в реальности был тем, кем его представляла литература того времени — воплощением испанского студента.