Среди важнейших дворцовых строений следует также назвать Казенный двор, где держали золото и серебро, по большей части в виде посуды; драгоценные предметы, подаренные иноземными послами; дорогие, затканные золотом и серебром или шелковые ткани; запас соболиных и других мехов. Здесь же находилась Образовал, или Иконная палата с множеством икон, крестов, ковчегов и других предметов церковной утвари. Всё, что приберегалось на Казенном дворе, использовалось в царском обиходе во время пиров или царских выходов, а также предназначалось для подарков. Поэтому Казенный двор тщательно стерегли стрельцы, как и Оружейную палату, в нескольких помещениях которой хранились мушкеты, пистоли, карабины, шпаги, панцыри, латы, шишаки, стрелы, «государевы оправные сабли» и другое оружие, а также краски для иконного дела, ртуть, ящик с деньгами, приходные и расходные книги. Сам государь постоянно контролировал состояние этих хранилищ. Однажды в 1627 году «за полтора часа до света» Михаил Федорович прислал грамоту о срочном опечатывании государственной печатью Оружейной и Иконной палат из-за внезапной кончины подьячего, отвечавшего за их сохранность. Из ответа, присланного царю, мы знаем, что в Оружейной палате были две железные двери: первые запечатывались главой приказа князем Борисом Александровичем Репниным, вторые закрывались на ключ, хранившийся у него же.
Не станем перечислять огромное количество хозяйственных построек, сосредоточившихся вокруг основного комплекса дворцовых зданий. Здесь были различные мастерские, портомойные (прачечные), кормовые и сытные дворы, где хранились съестные припасы, и др. Дворцовое хозяйство обслуживало царскую семью и придворных всем необходимым для повседневной жизни. Эти помещения без конца ремонтировались и перестраивались с целью расширения.
В 1647 году по государеву повелению чудотворная икона Спаса Нерукотворного была перенесена из Хлынова (Вятки) для помещения в Новоспасский монастырь — усыпальницу дома Романовых, настоятелем которого был царский «собинный друг» Никон. До окончания строительства Спасо-Преображенского собора эта икона хранилась в Успенском соборе Московского Кремля. После того как ее дважды пронесли через Фроловские ворота — сначала в Успенский собор, а затем в Новоспасский монастырь, — ворота были переименованы в Спасские. Вскоре последовал царский указ, предписывавший на веки вечные проходить через эти ворота в Кремль только с непокрытой головой, а над воротами был помещен образ Спаса Нерукотворного в золотой ризе.
Размах строительной деятельности юного Федора Алексеевича поражал современников. Датский посланник в 1682 году Гильденбрант фон Горн утверждал: «Москва при его государской державе стала каменная, которая преж сего была деревянная». Начал царь конечно же с Кремля, а именно с Теремного дворца. В 1677 году были построены новое каменное крыльцо у Боярской площадки со столбами, «переграда», представлявшая собой, по-видимому, некое решетчатое ограждение, а также переходы к церкви Спаса Нерукотворного. Крыльцо и переходы были расписаны мастерами Оружейной палаты «розными краски и аспиды».
Прямо у «переграды» по приказу юного царя поставили большую картину, написанную на полотне на темы «притчей» (каких именно, неизвестно, но, возможно, на любимый государем сюжет — суд царя Соломона). Ее автор неизвестен, но, поскольку в то же самое время (1677) у Золотой решетки на самом верху Золотой лестницы у входа в комнаты государя появилась еще одна картина — «Видения царя Константина, яко явися ему крест», написанная Иваном Салтановым, можно предположить, что и первое полотно создал он. В следующем году царь Федор приказал украсить росписью на библейские сюжеты стены своих комнат.
Большое строительство деревянных хором для всего царского семейства, включая вдовую царицу Наталью Кирилловну, началось в 1680 году. Для затягивания потолка и обивки стен потребовалось 800 аршин полотна, расписанного на темы «царственных притч, деисуса и апостольских проповедей». Отдельные помещения были обиты «золотыми кожами» с тиснением, «фряжскими листами» (гравюры на меди печатали прямо во дворце, где с 1677 года стоял специальный «фряжский» печатный станок).