Значение другой загородной усадьбы, Коломенского, резко возросло после постройки в конце 1660-х — начале 1670-х годов великолепного деревянного дворца под руководством стрелецкого головы Семена Петрова и плотничьего старосты Ивана Михайлова (дворец был частично перестроен в 1681 году Саввой Дементьевым «с товарищами»). Если Измайлово царь рассматривал как свою образцовую вотчину, где проводились сельскохозяйственные опыты, выращивался урожай и создавались барочные сады, то Коломенское, использовавшееся ранее для любимой потехи царя — соколиной охоты, было избрано им в качестве парадной резиденции. Сохранившиеся модели и изображения дворца, архивные данные, а также восторженное описание его в стихах, оставленное Симеоном Полоцким, позволяют представить «восьмое чудо света», как назвал его поэт, практически во всех деталях. Коломенский дворец во многом повторял Кремлевский дворец Алексея Михайловича: во внешнем и внутреннем убранстве использовались те же мотивы и аналогичные материалы. Так, роспись потолочной подволоки Столовой палаты копировала любимые царем «небесные беги» в кремлевских покоях. В росписях хором использовались мотивы двуглавого орла, гербов разных государств, трав и цветов, почерпнутые опять-таки из росписей Кремлевского дворца. Резьбу по дереву делали мастера из Нового Иерусалима, повторяя хорошо известные им орнаменты.
Общеизвестно особое пристрастие царя к скульптурам львов разных размеров, выполненным из различных материалов. Алексей Михайлович указывал помещать подобные фигуры везде, где только можно: каменные львы подпирали колонны «Львиных ворот» Потешного дворца в Кремле, а на одной из каменных плит, украшавших ворота, была вырезана сцена: Самсон, сидящий верхом на льве, раздирал ему пасть. Выточенные из дерева львы украшали многие деревянные постройки в царских усадьбах. Скульптуры львов были и в Преображенском, а также, возможно, и в других царских загородных резиденциях. Поэтому неудивительно, что «рыкающие» львы, снабженные механизмом, приводящим в движение их глаза и пасти и имитирующим рычание, были помещены в Коломенском сразу в двух местах: выполненные из меди звери, оклеенные для большей достоверности бараньими шкурами, восседали перед царским троном в деревянном дворце, как бы исполняя некую охранную миссию; четыре или восемь подобных фигур «сторожили» Передние ворота царского двора (весь второй ярус воротной проездной башни был отведен под «органную палатку» — механизм, издававший львиное рычание, выполненный мастером Петром Высоцким).
В росписи царицыных комнат были включены сюжеты из библейской книги Есфири, главная героиня которой, возможно, ассоциировалась с молодой царицей Натальей Нарышкиной. В круглых щитах над крыльцами царских хором помещалось новомодное европейское украшение — аллегорические изображения Европы, Азии и Африки.
Деревянный дворец Алексея Михайловича производил сильное впечатление на царских гостей, в особенности на иностранцев. Послы, посланники и резиденты европейских государств не раз бывали там. Яков Рейтенфельс писал: «Коломенский загородный дворец… кроме прочих украшений, представляет достойнейший обозрения род постройки, хотя и деревянной, так что весь он кажется точно только что вынутым из ларца, благодаря удивительным образом искусно исполненным резным украшениям, блистающим позолотою». Кстати сказать, уникальную горельефную и сквозную ажурную резьбу по дереву на фасадах и в интерьерах коломенского дворца выполняли белорусские мастера: монах Арсений, Клим Михайлов, Давыд Павлов, Андрей Иванов, Герасим Окулов и Федор Микулаев.
По мере изменения интересов государя сменялись и излюбленные места его летнего отдыха. Так, в 1657 и 1660 годах царское семейство провело лето в селе Покровском, а лето 1662 года — уже в Коломенском, в 1666 и 1667 годах — в Преображенском и Воробьеве, которым отдавалось предпочтение и в последние годы жизни государя.
Следующий царь, Федор Алексеевич, также очень любил село Воробьево, где подолгу жил в теплое время года. Оттуда он ездил в другие загородные усадьбы — Коломенское, Преображенское, Покровское, а также в «новое государево село Воскресенское», где в последний год своей жизни начал обустраивать церковь Воскресения Христова и заказал для иконостаса деисусный и праздничный ряды «за тридцать за два рубли».