В росписи царицыных комнат были включены сюжеты из библейской книги Есфири, главная героиня которой, возможно, ассоциировалась с молодой царицей Натальей Нарышкиной. В круглых щитах над крыльцами царских хором помещалось новомодное европейское украшение — аллегорические изображения Европы, Азии и Африки.
Деревянный дворец Алексея Михайловича производил сильное впечатление на царских гостей, в особенности на иностранцев. Послы, посланники и резиденты европейских государств не раз бывали там. Яков Рейтенфельс писал: «Коломенский загородный дворец… кроме прочих украшений, представляет достойнейший обозрения род постройки, хотя и деревянной, так что весь он кажется точно только что вынутым из ларца, благодаря удивительным образом искусно исполненным резным украшениям, блистающим позолотою». Кстати сказать, уникальную горельефную и сквозную ажурную резьбу по дереву на фасадах и в интерьерах коломенского дворца выполняли белорусские мастера: монах Арсений, Клим Михайлов, Давыд Павлов, Андрей Иванов, Герасим Окулов и Федор Микулаев.
По мере изменения интересов государя сменялись и излюбленные места его летнего отдыха. Так, в 1657 и 1660 годах царское семейство провело лето в селе Покровском, а лето 1662 года — уже в Коломенском, в 1666 и 1667 годах — в Преображенском и Воробьеве, которым отдавалось предпочтение и в последние годы жизни государя.
Следующий царь, Федор Алексеевич, также очень любил село Воробьево, где подолгу жил в теплое время года. Оттуда он ездил в другие загородные усадьбы — Коломенское, Преображенское, Покровское, а также в «новое государево село Воскресенское», где в последний год своей жизни начал обустраивать церковь Воскресения Христова и заказал для иконостаса деисусный и праздничный ряды «за тридцать за два рубли».
Измайлово нравилось молодому государю, по-видимому, в первую очередь его замечательными садами.
В 1678 году по указу царя там началось строительство примыкавшей к дворцу домовой церкви Иоасафа царевича индийского с восьмиярусным иконостасом. Древняя притча о пустыннике Варлааме и царевиче Иоасафе, созданная в Индии или Центральной Азии, распространилась по всему свету с первых веков христианства, на Руси стала известна еще в XII столетии, а в XVII веке книга была напечатана Симеоном Полоцким в Верхней типографии. В ней повествуется о том, что астрологи предсказали долгожданному наследнику индийского царя Авенира будущность великого христианского подвижника, поэтому идолопоклонник-отец запер сына во дворце, но пустынник Варлаам проник туда под видом купца и рассказал юноше о христианстве. Под влиянием мудреца Варлаама царевич покинул дворец и стал его спутником в пустыни до самой смерти учителя, а спустя 35 лет аскетической жизни закончил свои дни, завещав похоронить себя в построенном им храме вместе с Варлаамом, после чего на могиле пустынников происходили многочисленные чудеса и исцеления. Вероятно, Федор Алексеевич очень любил эту повесть, раз посвятил домовый храм в Измайлове ее персонажу. По-видимому, другие члены царского семейства разделяли его мнение; к примеру, в театре царевны Натальи Алексеевны шла пьеса, написанная по мотивам повести. Не случайно в 1680 году в измайловском храме прозвучали стихи Симеона Полоцкого на сюжет повести о Варлааме и Иоасафе — царский учитель Симеон ассоциировался с мудрецом-пустынником Варлаамом, просветившим царевича Иоасафа, в роли которого, надо полагать, видел себя юный государь.
В 1681 году Федор Алексеевич занялся перестройкой измайловского дворца, а также указал сделать возле него различные хозяйственные и служебные пристройки. Обычно царь брал с собой в Измайлово большую свиту, которую требовалось кормить и поить. Например, только за один день 13 июня 1677 года на «поение» всяких чинов людей и боярских слуг ушло из Запасного двора Измайлова четыре ведра «вина дворянского» (очищенной водки), полведра «двойного» (водки двойной перегонки), 12 ведер «расхожева» (простой водки), девять ведер белого с гвоздикой, корицей и кардамоном, три ведра меду вареного, 36 ведер пива.