При Алексее Михайловиче в ратное дело были внесены коррективы, инициатива которых исходила по большей части лично от царя. Продолжилось формирование полков «иноземного строя», хотя и традиционные дворянские сотни продолжали существовать. В Соборном уложении фиксировалось, что «новиков» верстали в службу «по отечеству» начиная с восемнадцати лет. Но число служилых «по отечеству» постоянно сокращалось, а число солдат росло. Так, в 1651 году из дворян и детей боярских в новых полках служило только 4,5 процента, а в 1672-м — уже 50,3 процента. В 1649 году были созданы полки для охраны северо-западной границы. Новым был не только набор «даточных людей» — крестьян, но и их обеспечение: если дворянское ополчение складывалось из отрядов, приводимых каждым помещиком, обязанным являться «конно, людно и оружно», то полки «иноземного строя» содержались (хотя и не постоянно) за государственный счет: солдаты начали получать пятирублевое денежное жалованье, а также порох, пищали и пр.
Царь захотел внести в военное дело, как и во все остальные дела, чинность и благолепие. Первые нововведения Тишайшего касались утверждения в войсках благочестия. В самом начале царствования он указал заменить рисунки на знаменах полков «иноземного строя» по лично им созданному образцу: вместо разношерстных изображений теперь вверху знамени у древка помещался восьмиконечный православный крест. Это, с точки зрения Алексея Михайловича, резко повышало статус знаменосца, поэтому он указал, чтобы дворяне несли не только главные полковые стяги, но и сотенные знамена. В 1646 году Боярская дума, следуя этому указу, определила в знаменщики родовитых дворян. Однако эта перемена вызвала местнические жалобы, поскольку знаменосцы теперь оказались наравне («в версту») с сотенными головами. Тогда Алексей Михайлович отдал указание: «Быти головам и знаменщиком у сотен без мест (то есть без учета родовитости. —
Государь распорядился благословлять воинство крестом с частицами чудотворных мощей, уподобляя его кресту византийского императора Константина Великого, с которым тот побеждал в битвах. Отправляясь в 1655 году в свой второй военный поход, он испросил благословение крестом с частицами Животворящего Древа Господня не только у патриарха Московского, но и у гостившего в Москве патриарха Антиохийского.
Но Алексей Михайлович не ограничился подобными нововведениями. Он захотел проникнуть в суть устройства иноземных полков. С этой целью было переведено с немецкого и издано в 1647 году «Учение и хитрость ратного строения пехотных людей» — устав, составленный Иоганном Якоби фон Вальхаузеном. Книга не очень подходила для обучения в силу тяжеловесности перевода и громоздкости описания простых действий пищальников, но с учетом основательного подхода царя к изучению иноземного строя сыграла определенную роль. Хорошо обученные рейтарские полки произвели на царя прекрасное впечатление во время встречи польских послов в августе 1649 года: «радовал глаз» недавно сформированный полк под руководством голландца Исаака Фанбуковена, который «урядно» стоял «рейтарским строем» под новыми красными и белыми штандартами. Рядом с ним на добрых аргамаках красовались московские сотни, одетые в цветное платье, с саблями…
Свои теоретические рассуждения о ратном деле царь Алексей смог проверить на практике. Он трижды в течение 1654–1656 годов ходил в военные походы, хотя в сражениях и штурмах непосредственного участия не принимал. К первому походу он начал готовиться загодя и очень обстоятельно, как делал всё и всегда. Неизбежность войны с поляками стала очевидной после Переяславской рады 1654 года, принявшей решение о присоединении Украины к России. Речь Посполитая распадалась на глазах, и польский король поспешил нарушить Поляновский договор о «вечном мире».
Алексей Михайлович, видя «нелюбовь» польского короля, начал планировать и расписывать по «статьям» действия русских полков. Особое внимание «чиннейший» монарх придавал соблюдению православных обрядов, соединив их с придворным церемониалом и европейскими военными обычаями. Царь разработал оригинальные ритуалы благословения воевод, вручения царских наказов и списков ратных людей, торжественного выхода войск из Кремля.