Однако Иван IV считал возможным определять не только конкретного человека, по его мнению, достойного верховной церковной власти, но даже цвет и форму его клобука
[32]и цвет воска, которым он должен пользоваться при запечатывании грамот. Именно эти вопросы царь вынес на обсуждение отцов Освящённого собора, съехавшихся в Москву для избрания митрополитом монаршего духовника Андрея (в иночестве Афанасия) 24 февраля 1564 года. Священноначалие Русской церкви не осталось равнодушным к «вопрошанию» венценосца, указав в специальном соборном решении: «Также митрополиту печатати грамоты благословенные и ставленые, и посылные красным воском, а на печати быти Пречистой Богородице со младенцем, а на другой стороне быти руке благословеной, а вкруг ее (печати. —Царь и московские митрополиты эпохи опричнины
Учреждение опричнины серьёзно нарушило отлаженную веками систему церковного управления. С первых дней существования нового государственного административного устройства царь, по сути, вступил в затяжной конфликт со священноначалием Русской церкви, якобы покрывавшим изменников-бояр. Именно в этом преступном намерении Иван Грозный огульно обвинял своих подданных «духовного чина» в знаменитом послании в Москву от 3 января 1565 года, в котором он объяснял причины своего тайного отъезда из столицы в Александровскую слободу. Притом адресовано оно было именно митрополиту Афанасию. В действительности только глава Русской церкви мог серьёзно помешать намерениям монарха сурово покарать «ослушников», по традиционному праву митрополита «печаловаться» перед монархом за опальных (ходатайствовать о их помиловании). Между тем разгневанный на бояр и их «потаковников» Грозный был готов жестоко мстить даже за намёк на «измену» и немедля зачислял в ряды своих личных врагов любого, кто посмел бы ему помешать свершить задуманное.
Удалившись из Москвы в слободу, Иван не взял себе в спутники митрополита Афанасия. Тот оказался для первого русского царя, пожалуй, самым неудобным архипастырем на московской кафедре, поскольку «тиран Васильевич» не мог игнорировать его заступничество за опальных. Афанасию, едва ли не единственному из всех российских митрополитов эпохи опричнины, удалось добиться от монарха прощения для арестованного после октября 1564 года боярина И. П. Яковлева-Захарьина и сосланного ещё в 1562 году видного военачальника князя М. И. Воротынского (оба погибли позже, при его преемниках). Справедливости ради необходимо заметить, что к «молению» первоиерарха и членов Освящённого собора за боярина Яковлева присоединили свои голоса его поручители: земские бояре князья И. Д. Бельский и И. И. Пронский, конюший И. П. Фёдоров-Челяднин, окольничий А. А. Бутурлин, а также несколько десятков знатных дворян и приказных людей. Однако, без сомнения, выдающаяся роль в освобождении опального вельможи принадлежит именно всероссийскому митрополиту, а не нелюбимым государем земцам.