Отдавая предпочтение сообществу по вере, нежели общности по крови, мусульманская проповедь стала в конце концов угрожать сплоченности различных кланов. Участились случаи принятия мусульманской веры. Худжра стала выполнять функцию частного жилища апостола ислама, функцию мечети, трибунала и казны уммы. Некоторые мединские племена сговорились с мекканцами и составили заговор, чтобы уничтожить новое сообщество. Предупрежденный об опасности, пророк подготовился к тому, чтобы дать отпор на всех фронтах. В 624 году при Бадре он обращает в бегство армию мекканцев. Эта победа, прославляемая в Коране (
Пророк исламского мира Мухаммед становится главой государства. В 629 году он отправляет военную экспедицию в Сирию — Палестину — в землю, в которой для евреев течет молоко и мед, а для арабов — кислое молоко и вино. Мусульмане разбиты у Мертвого моря арабами-христианами, примкнувшими к Византии. Пророк поворачивает к Мекке и в 630 году без боя входит в город. В 632 году он руководит прощальным хаджем. Его родина, которая заставила его так страдать, наконец-то бурно приветствует его. Она становится столицей нового исламского мира.
Через два месяца после возвращения из паломничества посланник Бога заболевает. Он страдает от лихорадки и ужасных головных болей. Вскоре он просит у своих жен разрешения оставаться все время в хижине Айши. Он много спит. Ему удается не без труда подниматься на возвышение, чтобы проповедовать. Он говорит о смерти и вечной жизни и иногда теряет сознание. Тогда вместо него молитвой руководит Абу Бакр.
8 июня 632 года ему становится немного лучше: он улыбается, и очевидец говорит, что его лицо было необыкновенно светлым и лучезарным. Но болезнь возвращается, приступы обрушиваются с новой силой, он лежит на ложе Айши, начинает бредить, бормочет что-то несвязное. Его молодая жена чувствует, что его голова становится все тяжелее и тяжелее, она неотступно смотрит на него. Он поднимает глаза к потолку и шепчет: «Друг, самый высший…» и его глаза закрываются навеки. Пророк умер. Его хоронят на том же месте, где он отдал Богу душу, кладут на правый бок, лицом к Мекке.
Абу Бакр, Омар и Отман, первые преемники пророка, остаются в Медине. Но Али, четвертый халиф, покидает город в октябре 656 года и поселяется в Куфе в Ираке. В 661 году Дамаск становится столицей ислама. Древний Ясриб постепенно превращается в курортный городок для улема, куда стремится аристократия в поисках тишины и покоя. При Омейядах здесь царит атмосфера роскоши: постоялые дворы наводнены придворными и певцами. Постепенно за Мединой закрепляется дурная слава.
Между тем религиозная слава города растет. Омейядский халиф Валид I (705–715) превращает худжру в настоящую мечеть: массивную, приземистую, украшенную мозаикой, окруженную четырьмя минаретами. Увеличивается количество юридических школ и кораническая экзегеза достигает своей зрелости. В этот период пышным цветом расцветает сунитское учение малекитов. Мечеть несколько раз разрушается землетрясениями и столько же раз восстанавливается. Османский султан Сулейман Великолепный (1520–1566) приступает к большим работам: проводит канализацию, акведуки и строит вокруг города крепостные стены.