Действительно, проект реконструкции собора предполагал снос лишь его части. В основном речь шла о реставрации и новых, достаточно разнородных пристройках. Первые работы по сносу велись очень осторожно и осмотрительно. Руководил ими Бернардо Росселино, слывший довольно посредственным мастером, который был, скорее, хорошим практиком, чем творцом с богатой фантазией. Однако Росселино сумел удачно совместить старое с новым.
Он сохранил в нефе все, что можно было оставить, не нарушая замысла реконструкции. Так, например, были сохранены порфировые плиты пола, гробницы епископов, прелатов и аристократов. Золотые украшения гробниц переплавляются, но металл используется для изготовления священных сосудов и потиров.
При многих папах в соборе продолжались работы, требующие крупных вложений капитала и привлечения целой армии каменщиков, плотников, каменотесов, витражистов, мозаичников и художников. Что касается отделочных работ, то они, похоже, были начаты с входных дверей и фасада, украшенного поразительной мозаикой. Были перестроены или заново сооружены хоры и часовня, посвященная Мадонне делле Феббре, защитнице города во время страшных эпидемий, находившаяся, впрочем, за пределами самого собора, а также портик при входе, к которому проявлял интерес еще в самом начале работ папа Евгений IV.
Следуя тому же замыслу, Пий II Пикколомини выделяет средства на часовню святого Андрея и ложу, откуда папа благословляет паству, а также на две колоссальные статуи святого Петра и святого Павла на монументальной лестнице собора, заказывает Филарете запечатлеть на бронзовых дверях довольно оригинальные сюжеты: фрагменты из басен Эзопа, историю Леды и Лебедя.
Этот величественный фасад, полностью обновленный, чтобы поразить паломников и принести новую славу папству, был лишь плакеткой к старому зданию, выступая гарантом подлинности. Новые работы, задуманные, вероятно, при Николае V архитектором Росселино, проводились под контролем Альберти, который в то время находился в Риме и приостановил их, сведя к расширению трансепта и удлинению хоров при помощи широкой апсиды. Все остальное в течение многих десятилетий оставалось в незавершенном состоянии.
Внутри собора пап, прежде всего, занимали часовни, витражи и росписи, а также папские гробницы, отделанные мрамором. Фра Анджелико, например, работал в так называемой капелле Святого Причастия.
Вплоть до 1500 года все работы сводились к переделке пристроек и убранства, что являет собой знак глубокого уважения к традициям, а быть может, и некоторой робости самого замысла и нехватки необходимых средств. Сохраняется первоначальный облик базилики. Но при папе Юлии II делла Ровере судьба ее была решена. Папа не колебался в принятии нового плана. Претворением в жизнь его замысла занимался Браманте, родившийся в Урбино в 1449 году. Он был замечен после того, как при Александре VI Борджиа построил небольшую церковь Темпьетто на холме Яникул рядом с Сан-Пьетро ин Монторио. Браманте смело отошел от традиционного плана базилики, строившейся в виде удлиненного прямоугольника, решив использовать центральный и круговой план, что в большей степени соответствовало тому представлению о мире, которое сложилось у некоторых гуманистов. Он применяет те же теории при создании нового собора святого Петра, но более сдержанно, более тонко. Тем не менее Браманте приговорил старое здание по меньшей мере к частичному разрушению.
Первые, все еще робкие работы всегда сохраняют главное — аркатуры нефов. Со стороны фасада сооружаются элегантные и легкие лоджии, которые словно украшение пристраиваются к строгим стенам времен Николая V. Затем проводится конкурс на создание макета и плана реконструкции собора святого Петра, который выигрывает Браманте. Он побеждает Джулиано да Сангалло, архитектора, которому покровительствовал папа. Браманте представляет проект здания в виде греческого креста, тем самым полностью порывая с традицией строительства базилик. Необходимо разрушить старое, и Браманте, несмотря на сильное сопротивление, идет на это, за что и получает прозвище maestro ruinanti или maestro guastante (мастер-разрушитель. —