Первым министром полиции был назначен генерал-лейтенант А. Д. Балашов (1770–1837), который до этого весьма успешно исполнял обязанности московского и санкт-петербургского обер-полицмейстеров и санкт-петербургского военного губернатора и в этот период сблизился с Александром I. Несмотря на это, верный себе «северный сфинкс» и здесь подстраховался: кроме положенных по должности официальных докладов министра полиции А. Д. Балашова, он получал тайные доклады от его подчиненного, француза по происхождению Я. И. де Сангрена (1776–1864), начальника Особенной канцелярии министерства, в ведении которой
Непосредственно во время Отечественной войны более активную роль в делах «верховной полиции» стало играть не Министерство полиции, а военная полиция при военном министре князе М. Б. Барклае-де-Толли (1761–1818), которую возглавлял упомянутый выше Я. И. де Сангрен, оставивший интересные «Записки», опубликованные в 1882–1883 годах. Приведем из них лишь два эпизода, связанных с Александром I.
В канун начала военных действий император прибыл в Вильну, где находился штаб 1-й Западной армии во главе с М. Б. Барклаем-де-Толли. Воспользовавшись этим, Наполеон направил в Вильну своего представителя, некоего Нарбонна якобы для того, чтобы поздравить Александра I с прибытием. Де Сан-грен окружил его кучерами и лакеями, в роли которых выступали переодетые офицеры виленской полиции. «Когда Нарбонн, по приглашению императора, был в театре в ложе, перепоили приехавших с ним французов, увезли его шкатулку, открыли ее в присутствии императора, списали инструкцию, данную самим Наполеоном, и предоставили государю». Император, таким образом, забыв о правилах приличия, лично участвовал в оперативном мероприятии, называемом на языке современных спецслужб «негласным обыском».
В другой раз Александр I обратился к де Сангрену с просьбой проверить дошедший до него слух о том, что конструкция построенной деревянной залы для намеченного с его участием бала весьма ненадежна. Каково же было его удивление, когда, прибыв на место, де Сангрен убедился, что зала уже рухнула. Все попытки начальника военной полиции найти архитектора, производившего строительство, не дали результата. Он скрылся, инсценировав мнимое самоубийство.
С марта 1812 года император стал использовать А. Д. Балашова для особо важных поручений в армии, а управляющим Министерством полиции в его отсутствии стал бывший министр военно-сухопутных сил С. К. Вязмитинов, при котором значение министерства как органа политического розыска и сыска неуклонно падает. Наконец, 4 ноября 1819 года император ставит последнюю точку в затянувшейся агонии главного полицейского ведомства своей империи, «…признав нужным для лучшего распределения дел, Министерство полиции присоединить к Министерству внутренних дел…». При этом наиболее важное подразделение Министерства полиции — Особенная канцелярия была передана в полном составе в ведение Министерства внутренних дел, где она до 1826 года и продолжала заниматься политическим розыском под руководством преемника Я. И. де Сангрена — М. Я. фон Фока (1774 или 1777–1831), начавшего свою карьеру еще при Павле. Когда же было создано знаменитое Третье отделение собственной Его Императорского Величества канцелярии, то фон Фок занял пост его управляющего.
Сомнительная честь прочитать заупокойную молитву Министерству полиции при-его похоронах выпала на долю министра внутренних дел князя В. П. Кочубея, который после приема части дел министерства докладывал императору о положении дел в столице: «Город закишел шпионами всякого рода: тут… и русские шпионы, состоявшие на жалованье, шпионы добровольные… Эти агенты не ограничивались тем, что собирали известия и доставляли правительству возможность предупреждения преступления, они старались возбуждать преступления и подозрения. Они входили в доверенность к лицам разных слоев общества, выражали неудовольствие на Ваше Величество, порицали правительственные мероприятия, прибегали к выдумкам, чтобы вызвать откровенность со стороны этих лиц или услышать от них жалобы».