Здесь же неподалеку размещался «двор служен» с помещениями для монастырских слуг. На дворе стояли 30 рубленых клетей на подклетах с дощатыми чуланами и пять низких клетей без подклетов, горенка на подклете и повалуша на подклете, соединенные сенями (наверху сеней был устроен чердачок) да шесть изб низких, соединенных сенцами рублеными и дощатыми. Кроме того, за двором направо было еще десять помещений — «а живут в них монастырские слуги и деловые люди». По количеству жилых помещений этого двора можно судить о большом количестве слуг, трудившихся на монастырь.
Через территорию монастыря в Сиверское озеро протекала река. Ныне она узкая и заболоченная, а в прежние времена приводила в движение две мельницы, которые мололи солод. Здесь же располагались житные службы: четыре житных амбара, в которых хранился ячневый, ржаной, овсяный солод, крупы и толокно. Рядом стояла келья мельничного старца. За речкой находилась солодежня, в которой растили и сушили солод. К востоку от нее, напротив северной стены малого монастыря, стояло десять житниц под одной кровлей, они занимали 172 квадратные сажени. «Это был главный склад монастырского хлеба… который сюда свозился из вотчин. В начале XVII в. здесь хранилось несколько тысяч четвертей ржи, пшеницы, ячменя, солод… и толокно». Рядом с солодежней размещалась келья с сенями, где жили старцы, в ведении которых был всякий монастырский хлеб.
Кроме житного двора в монастыре был еще санный двор. На дворе стояли три избы: в одной из них делали сани, в других жили около 40 человек нищих и «робята пустошки» (люди без всякого имущества), которых кормили из монастыря. Здесь же на дворе было четыре амбара, в которых держали «сани, и телеги, и оси, и дуги, и оглобли и всякой санной и тележной запас». Кроме того, около житных амбаров стояли амбары, в которые убирали «сани старческие» (сани старцев), «вяземские» и пошевни (широкие сани-розвальни, обшитые лубом — липовой корой). На санном дворе находилась еще одна изба с клетью, где иногда работали серебряных дел мастера.
Конюшенный монастырский двор был обнесен стеной с воротами. Здесь стояла келья с сенями дощатыми, в которую приходил старец, заведовавший двором. В избе по соседству размещались конюхи и «детеныши». На дворе находились четыре огромные конюшни, денник, где кормили лошадей овсом, и два амбара с «рухлядью». К конюшенному двору относились также две житницы, стоявшие около озера: в одной из них хранили овес, в другой — седла, узды, подушки, попоны, косы, полсти, возжи.
Плотники и мастера каменного дела жили в трех избах на своем дворе; их материалы хранились в двух амбарах. У восточной стены малого монастыря размещался шваленный двор со швальней — мастерскими для портняжных, кожевенных и других работ. Это было довольно древнее монастырское заведение, существовавшее уже в 1569 году. Около швальни жили разные мастеровые люди: иконники, токарники, оконники, портные, сапожники, кожевники. Здесь же стояли два кожевенных амбара. За двором располагались кладовые, где токари держали «деревья вязовое и березовое», и кузнечный двор. Около озера был построен амбар для угля.
Интересные особенности имела планировка Соловецкого монастыря. Каждое здание этой удивительной северной крепости было по-своему уникально. В центре монастыря, как и полагается, находилась соборная площадь. Ее образовывали четыре каменных храма. Первой была построена церковь в честь Успения Пресвятой Богородицы (1552–1557). К церкви примыкают колоссальных размеров одностолпная трапезная и келарская палата. Трапезная имеет обшую площадь в 500 квадратных метров и в былые времена вмещала несколько сотен человек. Под церковью и трапезной находились хлебня с мукосейной, просвирня, квасной и хлебный погреба. Над трапезной была устроена высокая колокольня с боевыми часами и двумя колоколами. В один колокол благовестили к литургии и к вечерне и звонили ко «Славам» на службах часов. В другой колокол звонили к обеду и ужину, созывая братию, служебников и трудников.
Сразу же после освящения Успенской церкви началось строительство главного собора обители — Преображенского храма (1558–1566). Он был устроен на погребах. В Соловецком летописце сказано, что братия возражали против строительства храма, считая, что в обители недостаточно средств, но игумен Филипп настоял на своем. К собору пристроили церковь во имя Зосимы и Савватия Соловецких, под которой также находилось два кладовых погреба. В 1577 году в монастыре поставили еще одну церковь — во имя святителя Николая. Вскоре крытые каменные переходы, устроенные, по соловецкому обычаю, на валунном основании, соединили сначала трапезную с Преображенским собором, а потом и все церкви между собой. В условиях северной непогоды и стужи эти переходы значительно облегчали жизнь. Вокруг церквей находились монашеские кельи и некоторые службы. Древние кельи были построены в два или три этажа, все они были неравной ширины и высоты, имели окна разных размеров.