Раскопками, проводившимися на месте Опричного двора, в 1996—2002 годах была вскрыта северная, хозяйственная часть комплекса. Уникальной для Москвы особенностью этой территории является скопление большого количества печей. Даже на крупных боярских дворах располагалось не более трех печей. Здесь же на 900 квадратных метрах найдено десять печей с четырнадцатью топочными камерами, что служит ярким свидетельством существования крупного хозяйственного комплекса, о котором говорит Штаден. Согласно заключению археологов, печи являлись своего рода полевыми кухнями — на них готовили еду в больших железных котлах. Их расположение под открытым небом было вызвано стремлением избежать пожара. Штаден пишет о сотнях стрельцов и служилых людей, которые несли службу на Опричном дворе. Если прибавить к ним проживавших там же царя и свиту, то большие масштабы готовки становятся очевидными{100}. На Опричном дворе также обнаружены многочисленные фрагменты кувшинов и стеклянных изделий, наконечники стрел, пули и другие предметы быта. Редкой находкой является роговая пороховница с изображением мужчины, изготовленная в Западной Европе во второй половине XVI века.
Археологами выявлены следы пожара 1571 года, уничтожившего Опричный двор. По сообщению Генриха Штадена, двор, к большой радости земских, сгорел дотла, так что даже расплавились колокола дворцовой церкви. Историк А.Л. Юрганов высказал мнение, что планировка и топография Опричного двора были тесно связаны с религиозно-философскими представлениями царя Ивана Грозного о конце света. По мнению исследователя, гибель Опричного двора в пожаре явилась для царя и его современников свидетельством того, что политика опричнины неугодна Богу{101}.
Историки выдвигали разные предположения о судьбе Опричного двора после упомянутого пожара. Точку в их спорах поставили данные археологии, свидетельствующие о том, что хозяйственный комплекс возродился и продолжал функционировать, хотя и не в таких масштабах, до смерти Ивана Грозного. Видимо, именно здесь царь жил в 1575—1576 годах, когда выехал из Кремля, уступив «великое княжение» Симеону Бекбулатовичу Возможно также, что бывший Опричный двор стал административным центром «двора» — особой параллельной структуры власти, унаследовавшей традиции опричного управления.
После кончины Ивана Грозного двор оставался в казне. «Пискаревский летописец» сообщает о строительстве нового здания Земского приказа «у мосту, против старого государева двора, где после князь Дмитрей Шуйский жил»{102}. Вероятно, брат будущего царя Василия получил это владение при Борисе Годунове. В начале XVII века, скорее всего в царствование Лжедмитрия I, территория бывшей опричной резиденции была пожалована боярину И.Н. Романову и стала называться Романовым двором. По Никитской улице обширное владение протянулось на 40 саженей, по переулку — на 50. Романов двор занимал половину современного квартала по левой стороне Никитской от Моховой до Романова переулка. В настоящее время на этой территории находятся корпуса старого здания Московского университета (в том числе и церковь Святой Татианы), а также доходный дом постройки 1900 года.
Иван Никитич Романов, чудом выживший во время ссылки, был одним из кандидатов на престол в 1613 году. После избрания Земским собором его племянника боярин принимал деятельное участие в управлении государством, в основном на дипломатическом поприще. После его кончины в 1640 году двор отошел к его единственному сыну. Никита Иванович получил боярство в 1645 году, особого влияния на государственные дела не имел, но занимал одно из первых мест при дворе по близкому родству с царем, знатности и богатству. Ему принадлежало более семи тысяч крепостных дворов, в том числе два города.