Анна Бретонская придавала большое значение браку своей дочери с сыном Филиппа Красивого. Ее собственный сын, к сожалению, не выжил, и теперь она возлагала все надежды на Клод, свою старшую дочь. В 1504 году король, казалось, был при смерти, и королева тайно погрузила принадлежавшие ей драгоценности, мебель и ковры на корабль, чтобы по Луаре переправить их в Нант, куда она хотела уехать с дочерью. Но, когда обоз выезжал за стены Амбуаза, маршал де Гие, воспитатель Франциска Ангулемского, приказал их остановить: он не хотел, чтобы исчезли ценности, которые должны были перейти Франциску Ангулемскому в случае его женитьбы на Клод (как это планировал Людовик XII). Король выздоровел, и королева отомстила маршалу. Она обвинила де Гйе в оскорблении Ее Величества, но в конечном счете добилась всего лишь его ссылки в принадлежавший маршалу прекрасный замок дю Верже. Договор о наследовании, заключенный в Блуа с Австрийским домом, имел силу недолго, в 1506 году он был расторгнут Людовиком XII при поддержке Генеральных Штатов, собравшихся в Туре. А 21 мая 1506 года в Плесси состоялась помолвка Франциска Ангулемского и Клод Французской. Таким образом, корона возвращалась французскому принцу, и Бретань оставалась за Францией. С досады королева решила уехать на несколько месяцев в свое герцогство Бретань, но король ей не разрешил.
Все эти волнения изнурили Анну. Здоровье ее, расшатанное частыми родами, ухудшилось: в моче обнаружили песок; такую болезнь тогда лечить не умели. Она скончалась в страшных муках 9 января 1514 года в шесть часов утра в верхней комнате замка Блуа. Художник Жан Перреаль снял с нее посмертную маску для похоронной церемонии. Хирурги забальзамировали тело, извлекли сердце, которое должны были перевезти в Нант для погребения рядом с родителями умершей. В пятницу 13 января, в полночь, мертвую королеву положили в тронном зале нового крыла замка, накрыв парадную кровать парчой и горностаевым мехом. Ее нарядили в королевские одежды, золотое сюрко, роб из пурпурного бархата, подбитую горностаем, на голову поместили корону Франции, а сложенные на груди руки одели в белые перчатки. Большой парадной мантией из пурпурного бархата со шлейфом длиной в пять локтей задрапировали тело и подножие кровати. Справа на золотой подушке покоился скипетр, слева — жезл правосудия. Залу обрамляла широкая лента из черного бархата с гербовыми щитами королевы. На богатом алтаре красовался девиз Анны «
Вся королевская семья, одетая в черное, присутствовала вечером в понедельник 16 января при перенесении тела в свинцовый гроб, установленный на железных подставках. «Воспоминание», то есть изображение королевы, манекен с посмертной маской, вылепленной Перреалем, занял место Анны на парадной кровати. В течение пятнадцати дней в алтаре покоев ежедневно служили четыре мессы с песнопениями и много простых месс.
Наконец в пятницу 3 февраля кортеж выехал из замка и направился в церковь Сен-Совер, где находилось тело королевы до субботы 4 февраля. В этот день четырехколесная повозка с шестью лошадьми, покрытая черным и белым бархатом, окруженная четырьмя сотнями факелов и сопровождаемая лучниками швейцарской гвардии в доспехах, покинула Блуа и медленно отправилась на кладбище Сен-Дени, где 16-го должно было состояться погребение. Такой же траурный ритуал был соблюден и при отправлении в Нант ларца-ковчежца с сердцем королевы.
В Блуа впервые прошла почти вся жизнь государыни, от начала великолепного царствования до печального смертного часа. Глубоко скорбящий король не мог, однако, избежать участи любого монарха: королям не дозволяется долго оставаться вдовцами.
Год спустя он женился на Марии Йоркской, дочери английского короля Генриха VII: шестнадцатилетняя девушка вовлекла этого пятидесятилетнего старика в вихрь праздников и турниров. Если бы родился наследник, он мог бы совершенно законно отобрать корону у Франциска Ангулемского, но судьба распорядилась иначе. 1 января 1515 года Людовик XII скончался, и новый король, супруг Клод Французской, торжественно покинул замок Амбуаз, где со своей матерью и сестрой Маргаритой провел счастливые годы детства и юности.