Бурденко же в заключение сказал:
Вечером 13 января в Смоленск выехали В.И. Прозоровский, В.М. Смольянинов, П.С. Семеновский и М.Д. Швайкова, 17 января – члены Комиссии.
Второе заседание Специальной комиссии состоялось 18 января уже в Смоленске, на нем присутствовал не только С.Н. Круглов, но и нарком государственной безопасности В.Н. Меркулов. Круглов и председатель Смоленского облисполкома Р.Е. Мельников рассказали о проделанной подготовительной работе: раскопки могил начались 14 января, на них работало 200 бойцов, были установлены 3 палатки для вскрытия трупов, велись поиски других могил в Катынском лесу, в Смоленск доставили всех «свидетелей». Бурденко указал, что необходимо точно определить глубину могил, уточнить число военнопленных польских офицеров, работавших на дорожном строительстве, и установить, содержались ли польские офицеры и солдаты при немцах в тех же лагерях.
18 января в 11 часов 50 минут Специальная комиссия в полном составе выехала в Катынский лес, где ознакомилась с порядком работы по эксгумации. Оказалось, что тела от могилы до палаток экспертов доставляли волоком на брезентах. Всего к этому времени было вскрыто 225 трупов. Посещение членами Комиссии могил в Катынском лесу было заснято на пленку кинооператором А.Ю. Левитаном.
Возвратившись в Смоленск, члены Комиссии решили увеличить число судебно-медицинских экспертов и санитаров, чтобы можно было производить 400 вскрытий в день. Переноску тел постановили производить либо на санях, либо на носилках, запретив волочить на брезенте. После этого члены Специальной комиссии ознакомились с материалами предварительного следствия: протоколами допросов «свидетелей», заявлениями и «документами», собранными работниками НКВД и НКГБ в связи с Катынским делом.
В тот же день в помещении Горсовета члены Комиссии допросили свидетелей П.Г. Киселева, Б.В. Базилевского, И.Е. Ефимова, С.В. Иванова, И.В. Савватеева. В 23 часа 30 минут опрос был закончен и началось третье заседание, на котором происходило распределение обязанностей между членами Комиссии и отчет о работе экспертов. В заключение Бурденко сказал:
В день прибытия Комиссии в Смоленск в центральной печати было опубликовано сообщение ТАСС, в котором говорилось о создании Специальной комиссии и указывалось, что она «заканчивает свою работу и в ближайшее время опубликует сообщение о результатах расследования». Тем самым оказывалось определенное давление на членов Специальной комиссии, только приступивших к своей работе.
В этот же день в «Известиях» было опубликовано заявление польского правительства от 15 января 1944 г. о готовности вступить в переговоры при посредничестве США и Великобритании с советским правительством по всем основным вопросам, разрешение которых должно привести к дружественному и прочному сотрудничеству между Польшей и СССР. Однако ТАСС было уполномочено заявить, что советское правительство не может вступать в переговоры с правительством, с которым прерваны дипломатические отношения. «Советские круги напоминали», что эти отношения были прерваны из-за якобы активного участия польского правительства «во враждебной антисоветской клеветнической кампании немецких оккупантов по поводу «убийств в Катыни».