16 марта начинается работа по составлению справок на военнопленных трех лагерей и заключенных тюрем, по которым в соответствии с решением Политбюро ЦК ВКП(б) от 5 марта 1940 г. «тройка» должна была принимать решение о расстреле военнопленного или заключенного. Справки на офицеров и полицейских должно было представлять Управление по делам о военнопленных, на заключенных – НКВД УССР и БССР. Форма справки поступила к Сопруненко от Кобулова 16 марта (см. № 8). В последнюю графу – «Заключение» следовало вписывать краткую формулу обвинения и статью УК РСФСР (для заключенных тюрем – УК УССР и УК БССР). В связи с этим из лагерей в Москву были отозваны сотрудники УПВ (см. № 9). Составлению справок придавалось огромное значение. Заказывать форму для них в типографиях категорически запрещалось ввиду сугубой секретности проводимых работ (см. № 15). Первые три графы справок заполнялись еще в лагерях, которые бросили все силы на выполнение этого задания. В одной из шифровок П.К. Сопруненко обращал особое внимание начальника Старобельского лагеря А.Г. Бережкова на необходимость отмечать во второй графе справок адрес семьи военнопленного с указанием названия населенного пункта, уезда, воеводства (см. № 15). 19 марта начальник Осташковского лагеря П.Ф. Борисовец сообщил в УПВ:
Наряду с оформлением материалов на контингент трех спецлагерей на местах принимались и другие меры по подготовке к операции. С 16 марта была запрещена переписка всех военнопленных. Начальство ужесточило пропускной режим, усилило охрану лагерей, сосредоточило на соответствующих железнодорожных станциях большое количество подвижного состава и т. д. Представитель центрального аппарата НКВД СССР в Старобельском лагере капитан госбезопасности И.Д. Безруков сообщал в Москву, что в Харькове все готово, а в Старобельске имеются вагоны (см. № 14).
Главное транспортное управление НКВД СССР во главе с его начальником комиссаром госбезопасности III ранга С.Р. Мильштейном разработало подробнейший план доставки военнопленных из лагерей к местам их казни. На протяжении полутора месяцев Мильштейн ежедневно, а иногда и два раза в день, направлял Берии и Меркулову сводки, фиксируя малейшие отклонения от плана перевозок, количества отправляемого порожняка, загружавшихся и разгружавшихся вагонов и т. д. (см. № 27).
Незадолго до начала операции в Старобельск выехали капитан госбезопасности М.Е. Ефимов, возглавлявший ранее оперативную бригаду центрального аппарата НКВД СССР в этом лагере, и В.Д. Миронов, работник 5-го отдела (ИНО) ГУГБ НКВД СССР, отвечавший за агентуру. В Козельский лагерь вновь прибыл майор госбезопасности В.М. Зарубин, в Осташковский – ст. лейтенант ГБ Д.К. Холичев.