Росздравнадзор и Роспотребнадзор имеют во всех субъектах РФ свои территориальные органы и учреждения, которые не подчиняются местным властям. Эта независимость позитивна, однако службы находятся в структуре Минздравсоцразвития, зависят от него, кадровая политика самих служб основана на том, что в их штаты набираются бывшие сотрудники областных органов управления здравоохранением, а юристов в них практически нет. Эти факторы породили то обстоятельство, что службы не занимаются собственно защитой прав граждан. Безусловно, они выявляют системные ошибки, допущенные в ряде государственных программ, и доносят до министерства соответствующую информацию, но сами не способны предпринять сколь-нибудь значительных мер, поскольку у них нет полномочий для этого. Основная деятельность в годы после их образования сосредоточилась на санитарно-эпидемиологическом контроле и вакцинации (бывшая Санэпидслужба – ныне Роспотребнадзор), а также на лицензировании, проблемах лекарственного обеспечения и производства лекарств и т. п. (Росздравнадзор). В то же время гражданин не может получить в этих службах полноценную юридическую помощь или даже консультацию по вопросам прав на охрану здоровья, не говоря уже о защите этих прав.
Согласно Положению о Федеральной службе по надзору в сфере здравоохранения и социального развития, утвержденному
постановлением Правительства РФ от 30 июня 2004 г. № 323: