Однако в 1498 г. происходит новый, неожиданный поворот. По проискам еретиков была оклеветана греческая царевна Софья, ее сын Василий (будущий отец Иоанна Грозного) попал в опалу, зато внук Иоанна III, Димитрий (сын Елены Волошанки, сочувствовавшей жидовствующим) был объявлен наследником. Умри в тот момент Иоанн III, и жидовствующие через регентшу Елену стали бы управлять Россией.
Но происки заговорщиков были раскрыты уже через год. Великий князь Иоанн III Васильевич наложил опалу на Елену Волошанку и ее сына (а в 1502 г. заточил его в темницу), объявив наследником престола своего сына от византийской принцессы Софьи Палеолог — Василия, который стал ревностным борцом с жидовством.
Летом 1503 г. преподобный Иосиф отправился на собор в Москву. Вся сила теперь была на стороне наследника Василия, и «не без его влияния сам Иван Васильевич III пожелал видеть Иосифа». Великий князь просил у Иосифа прощения за свою слабость к еретикам и закончил свою беседу обещанием выловить всех еретиков. Однако и год спустя обещание Великого князя не было исполнено. Еретики гуляли на свободе, ересь расползалась по городам и весям. Тогда преподобный Иосиф обратился за содействием к духовнику Великого князя, архимандриту Митрофану, чтобы тот пригрозил государю карой Божией, если Иоанн III не исполнит своего обещания.
Наконец в декабре 1504 г. состоялся еще один собор в Москве, которого настойчиво требовал преподобный Иосиф. Собор окончательно осудил ересь жидовствующих, а самые неисправимые еретики были казнены. Остальных разослали по монастырям «на исправление».
Митрополит Иоанн (Снычев) подчеркивал: «…внешняя деятельность еретиков была направлена на внедрение в аппарат властей — светской и духовной, имея конечной целью контроль над их действиями и решающее влияние на них. Проще сказать, целью еретиков в области политической является захват власти».
Нетрудно понять, что большая часть еретиков уцелела. Притворно «покаявшись» (а иудейская мораль, которую они исповедывали вслед за своими наставниками, позволяет лжесвидетельствовать), многие жидовствующие оказались разосланы по всей стране, разнося свою ересь и заражая ею окружающих. После разгрома 1504 года они стали намного осторожнее. Начался латентный период этой духовной болезни. За полвека ересь разрослась и проникла в массы монашества и священства. Как и все тайные общества, ересь жидовствующих оказалась на редкость живуча (и, к слову сказать, дожила до наших дней). Во второй половине XVI века еретики решили воспользоваться политическими неурядицами и поддержали новгородских сепаратистов и партию удельных князей в их борьбе с центральной властью.
Усилился в то время и натиск иудеев на Православную Русь. Особенно активизировались еврейские «купцы» из Польши, где польский король Сигизмунд-Август отдал в аренду кагалу почти все. Однако под видом купцов приезжали в Россию пропагандисты ересей, шпионы и даже отравители. Иоанн Грозный распорядился закрыть для иудеев русскую границу.
После чего Сигизмунд прислал в Москву грамоту: «Докучают нам подданные наши, жиды, купцы государства нашего, что прежде изначала при предках твоих вольно было всем купцам нашим, христианам и жидам, в Москву и по всей земле твоей с товарами ходить и торговать; а теперь ты жидам не позволяешь с товарами в Государство свое въезжать».
В ответ на это царь Иоанн писал: «Мы к тебе не раз писали о лихих делах от жидов, как они наших людей от христианства отводили, отравные зелья к ним привозили и пакости многие нашим людям делали: так тебе бы, брату нашему, не годилось и писать о них много, слыша их такие злые дела» (Соловьев В.).
Таким образом, шестьдесят лет спустя после собора, осудившего ересь, перед Иоанном IV Грозным стояла та же задача, что и перед его дедом Иоанном III, отцом Василием III, святителем Геннадием Новгородским и преподобным Иосифом Волоцким: отрубить голову жидовствующей гидре. И для ее решения пользовался царь теми же методами.
Надо сказать, что русские святые в начале XVI века широко применяли в борьбе с ересью жидовствующих опыт католической инквизиции. Святитель Геннадий не только использовал в идеологической борьбе переводы с латыни (для чего был набран штат переводчиков и переписчиков). Даже берестяные колпаки, сожженные на головах еретиков по его приказу, были сделаны по образцу колпаков, одеваемых на осужденных инквизицией. (Кстати, именно в результате деятельности владыки Геннадия разрозненные до того книги Священного Писания на славянском языке были впервые сведены в единый кодекс — Геннадьевскую Библию, которая использовалась в Богослужении до XVIII века.)