Официальная - резкое ухудшение здоровья вождя было вызвано отравленными пулями, которыми стреляла в него Фанни Каплан 30 августа 1918 г. «Большая советская энциклопедия» факт ранения отравленными пулями отметила особо: «При выходе с завода он [Ленин] был тяжело ранен белоэсеровской террористкой Каплан. Две отравленные пули попали в Ленина. Жизнь его находилась в опасности». Нарком здравоохранения Семашко объявил, что пули были начинены ядом кураре. Академик Б.В. Петровский, посвятивший этому вопросу специальное исследование «Ранение и болезнь В.И. Ленина» категорически отрицал причинную связь между ранением и развившейся позже болезнью: «Разумеется, ранение было тяжелым, но никакого отношения к артериальным и венозным сосудам шеи не имело и не могло влиять на развитие атеросклероза и... ни о каких отравленных пулях речи не могло быть». Мнение лечащего Ленина врача В.Н. Розанова было идентичным: «Я определенно сказал, что эти пули абсолютно не повинны в головных болях, что это невозможно, так как пули обросли соединительной тканью, через которую в организм ничего не проникает». В июне 1922 г. в официальном докладе Клемперер заявил в связи с проведенной операцией по извлечению пули: «по его мнению, у Ленина — атеросклеротическое кровоизлияние в мозг и это заболевание никакой связи с пулей не имеет».
Сифилис. Известный врач-физиолог Павлов свидетельствовал, что ему и некоторым его коллегам под страхом смерти запретили говорить о заболевании Ленина сифилисом, а профессору медицины Залкинду его настойчивость в обосновании именно такой точки зрения стоила свободы и даже жизни. В последние годы эта версия стала популярной после статьи писателя и историка Хелен Раппопорт, утверждавшей, что сифилис Ленин подцепил от парижской проститутки в 1902 году. Жар и сыпь на теле Ленина в конце 1902 г. указывали, по мнению автора, на рецидивы скрытого сифилиса. Журнал European Journal of Neurology опубликовал статью в 2004 г., в которой утверждалось, что Ленин умер от нейросифилиса. Доказательством этой версии была всего лишь методика лечения Ленина, о которой сообщил профессор Осипов в «Красной летописи» в 1927 году. Больного вождя лечили препаратами йода, ртути, мышьяка и прививками малярии. По мнению авторов так лечили поздний нейросифилис. В том же году группа израильских медиков из университета Бен-Гуриона в городе Беер-Шева опубликовали свои результаты исследования смерти Ленина. Они утверждали, что Ленин умер от сифилиса мозга, который являлся последней стадией бытового сифилиса. Одним из главных аргументов исследователей стал сальварсан - препарат, который в то время применялся исключительно для лечения сифилиса. К тому же на консультацию приглашали немецкого профессора Макса Ноне, специалиста по сифилису мозга. Однако в архивах имеется запись самого Ноне: «Абсолютно ничто не свидетельствовало о сифилисе».
«Своеобразное, не свойственное обычной картине общего мозгового артериосклероза» течение привели докторов к предположению к возможности сифилитического поражения головного мозга. 29 мая на консультацию был приглашен профессор А. М. Кожевников - невропатолог, специально исследовавший сифилитические поражения мозга. Он взял кровь из вены и спинномозговую жидкость из позвоночного канала для исследования на реакцию Вассермана и изучения клеточного состава полученного материала. На следующий день был приглашен и опытный окулист М. И. Авербах для изучения глазного дна. Глазное дно позволяет оценить состояние кровеносных сосудов мозга, так как глаз (точнее, его сетчатка) - это, по сути, выведенная наружу часть мозга. И здесь не было никаких заметных изменений сосудов или патологических образований, которые указывали бы на сифилис. Несмотря на все эти данные, врачи и Ферстер и Кожевников все-таки не исключали полностью сифилитический генез мозговых явлений. Об этом, в частности, свидетельствует назначение инъекций мышьяка, который, как известно, долгое время был основным противосифилитическим средством. Через пятнадцать лет после смерти Ленина, в 1939 г., Клемперер определенно написал: «Возможность венерического заболевания была исключена».