Духовенство посредством земских начальников широко пользовалось этим новым законом и донимало баптистов разными штрафами и тюремными заключениями за, якобы, недозволенные собрания по 29 ст. Уложения о наказаниях, налагаемых мировыми судьями. Наши братия разорялись от этих судебных преследований. Когда они не в состоянии были платить деньгами, то их, часто в страдную летнюю пору, отрывали от полевых работ и бросали в арестные дома на месяц и более. Случалось и так, что родителей брали под стражу, а дети одни оставались дома, и все это лишь за то, что они «вопреки закону» осмеливались двое, трое или более собираться вместе для молитвы и чтения Слова Божия.
Однако этот закон против штундизма, составленный на основании пристрастных донесений духовенства, преследовал такую секту, которая в действительности не существовала, судя по тем признакам, которые приписывались ей: отвержение военной службы и всяких властей, общее равенство и раздел имущества. Поэтому Сенат отнесся совершенно беспристрастно и справедливо к штундистам: он считал недостаточным одного названия «штундист», усердно приписываемого баптистам духовенством и полицейскими властями, но требовал фактических данных для обоснования виновности подсудимых, обвинявшихся в принадлежности к этой ереси, и, за отсутствием таковых, часто отменял решения низших судебных инстанций. Но не всегда дело можно было довести до Сената: это возможно было лишь там, где еще существовал институт мировых судей — в городах; в деревнях же братья не могли пользоваться этим благом, потому что там губернские учреждения безапелляционно решали дело, а решали они его почти всегда не в пользу обвиняемых.
1894 год особенно тяжел был для баптистов по причине сильного гонения. В этом году Воронина, вскоре после собеседования в Тифлисе со слепым миссионером Шашиным, снова выслали административным путем под надзор полиции в Вологодскую губернию на 4 года.
Киевская администрация в том же году приняла ряд репрессивных мер против штундистов: православным запрещено было наниматься в услужение к штундистам, запрещено принимать в школы детей штундистов, а если они уже приняты были в них, то должны были выполнять все обряды церкви наравне с православными детьми; закрыт склад Британского библейского общества и запрещено его книгоношам распространять Священное Писание, запрещено принимать штундистов на службу железных дорог.
15 марта того же года произведены обыски в один день в разных местах Закавказья: в Тифлисе, Воронцовке, Геокчае, Елизаветполе, Шуше и других местах, но, конечно, безрезультатно в политическом смысле.
Рябошапка в сем же году был сослан из Любомирки под надзор полиции на 5 лет в г. Эривань. Он, на основании циркуляра, дававшего право ссыльным просить выезда за границу навсегда, без права возвращения в Россию, подал прошение о выезде за границу. Но ответ последовал, когда оканчивался уже 5-летний срок ссылки в Эривани. Его послали в Константинополь, а оттуда он переехал в Болгарию, в Софию, где умер 5 февраля 1900 года.
В том же 1894 году старшина Островской волости Васильковского уезда (Киевской губернии) в один прекрасный день, как сообщает «Киевское слово», разослал всем сельским старостам своей волости предписание об обращении штундистов в православие. Меры, предлагаемые им, состояли в том, что сельские старосты должны были собирать штундистов пред богослужениями в известные места и после надлежащего внушения под своим личным наблюдением водить их в церковь, где заставлять их креститься, молиться и, словом, всем своим поведением изображать верующих православных христиан. Но известно, насколько исполнялось предписание волостного старшины во всех селах его волости, но в одном из сел оно вовсе не исполнялось. Это подало повод священнику одного штундистского прихода сделать заявление в подлежащем порядке о неисполнении распоряжения волостного старшины. Когда же это заявление пошло по начальству, то оказалось, что распоряжение волостного старшины, как выходящее из пределов предоставленной ему законом власти, ни для сельских старост, ни для штундистов, не имело никакого обязательного значения, а для самого волостного старшины оно имело значение проступка по должности, именуемого превышением власти. За свое предписание он был, в конце концов, подвергнут трехдневному аресту при полицейском управлении. «Характерно однако, — замечает «Русская жизнь», — что не только старосты, но и священник считали такое насильственное обращение в православие совершенно законным».