К маю 1921 г., кочуя со своей бандой по монгольским степям, грабя местное население, Унгерн почти исчерпал средства «кормления». 21 мая он издал приказ о наступлении против Красной Армии в советской Сибири. Приказ этот являл собою документ, в котором причудливо переплетались «философские» разглагольствования Унгерна и его религиозно-мистические рассуждения. Русский народ, говорилось в приказе, «в недрах своей души преданный вере, царям и отечеству», под влиянием интеллигенции и «неприменимых принципов революционной культуры… революционных бурь с Запада» начал, по мнению Унгерна, «сбиваться с прямого пути», и Российская империя распалась. «Россию, – проповедовал барон, – надо строить заново». И вот как он предлагал это сделать. «Ему (народу. – Д. Г.),– писал Унгерн, – нужны имена, имена всем известные, дорогие и чтимые. Такое имя лишь одно – законный хозяин земли русской – император всероссийский Михаил Александрович». Эту кандидатуру в цари он и выдвинул, ссылаясь на… Евангелие. Когда впоследствии дознавались, почему он это сделал, Унгерн отвечал: «Я верю в Евангелие. По Евангелию выходит (глава XI.-Д. Г.), что есть предсказание пророка Даниила, – это должно быть в июле 1921 г. – пришествие Михаила. На этих предположениях мы стоим…»
В том же приказе Унгерн предписывал своим войскам во время похода «комиссаров, коммунистов и евреев уничтожать вместе с семьями. Все имущество их конфисковать». «Мера наказания может быть лишь одна – смертная казнь разных степеней… Единоличным начальникам, карающим преступника, помнить об искоренении зла до конца и навсегда и о том, что неуклонность в суровости суда ведет к миру, к которому мы все стремимся, как к высшему дару неба».
«Продовольствие и другое снабжение конфисковать у тех жителей, у которых оно не было взято красными».
Унгерн утверждал в приказе, что в походе против Красной Армии на широком фронте от Маньчжурии до Туркестана примут участие также войска атамана Семенова (Уссурийский край), корпус белогвардейского генерала Бакича (район Семипалатинска), казачья банда Кайгородова (Алтай) и другие.
Однако задуманному плану антисоветского похода не суждено было сбыться. Народ не поддержал ни Унгерна, ни Бакича, ни Кайгородова, ни Семенова. Философско-мистический приказ монархиста Унгерна не мог вдохновить русских крестьян, покончивших с царизмом.
Двигаясь по левому берегу Селенги на Троицко-Савск, Унгерн оставлял за собою пепелища сожженных деревень и трупы. Все имущество «непокорных» Унгерн раздавал участникам своей банды, кормившейся за счет грабежей. Барон «покорял» русский народ методами Чингисхана.
Между тем народно-освободительное движение в Монголии разрасталось и крепло. В начале 1921 г. там образовалось Народно-революционное правительство, и армия во главе с Сухэ-Батором повела успешную борьбу с китайскими милитаристами и бандой Унгерна. По просьбе Народно-революционного правительства на помощь монголам пришла Красная Армия, вступившая в столицу Монголии – Ургу. Тогда и богдогэгэн выступил против Унгерна, призывая народ уничтожить этого «распутного вора».
В августе 1921 г. Красная Армия совместно с монгольскими народными войсками разбила банду Унгерна. Чекисты же, под руководством полномочного представителя ГПУ по Сибири И. П. Павлуновского, организовали захват живым этого палача народа. В войска Унгерна были посланы разведчики, которые провели большую работу среди солдат Унгерна, и они сами выдали барона красноармейцам.
15 сентября в Новониколаевске (ныне Новосибирск) состоялось открытое судебное заседание Чрезвычайного революционного трибунала по делу Унгерна. Суд заседал в составе председателя Сибирского отдела Верховного революционного трибунала Опарина, членов Габишева, Гуляева, А. Д. Кравченко, И. Кудрявцева. Обвинителем выступил Емельян Ярославский, защищал Боголюбов.
Чрезвычайный революционный трибунал признал, что Унгерн предпринял попытку свергнуть советский строй, причем «путь к этой попытке (вел) по рекам пролитой крови не только советских работников и их семей, но и невинных женщин и детей – не убиваемых, а истерзываемых и предаваемых самым бесчеловечным, известным нам только по глубокой истории, пыткам. Сжигались громадные села с женщинами и детьми (село Укыр и другие), расстреливалось сотнями крестьянство (станица Мензинская). Применялись пытки такого рода (сажание на лед, раскаленную крышу, битье кнутами, такое, чтобы летели куски мяса, и т, п.), о которых при упоминании и особенно при зверском хладнокровии Унгерна, вполне сознавшегося в их применении, невольно вспоминается феодализм со всеми его грязными бесчеловечными правами феодалов».
Унгерн был приговорен к единственно возможному наказанию – к смерти и казнен в Новониколаевске.