Руководство «Совета объединенных приходов» по своему составу было явно антисоветским. Председателем «Совета» являлся А. Д. Самарин, бывший обер-прокурор святейшего синода, «егермейстер двора его императорского величества», губернский предводитель московского дворянства, крупный помещик, владевший до революции 10 тысячами десятин земли. В состав «Совета» входили: священник А. А. Полозов, профессор церковного права Н. Д. Кузнецов, московские протоиереи Н. В. Цветков и С. В. Успенский, философ Г. А. Рачинский, дьякон С. А. Смирнов – заведующий канцелярией «Совета», крупный торговец Емельянов.
Органы ВЧК давно искали Самарина. 7 октября 1918 г. его задержали на станции Брянск с фальшивыми документами на имя Зарецкого. Он пытался пробраться на Украину, где в то время господствовал гетман Скоропадский. У Самарина обнаружили письмо патриарха Тихона, который поручал ему вести переговоры в Киеве по поводу автокефалии украинской церкви. При расследовании было найдено и письмо Самарина от 18 июня 1918 г. на имя уехавшего на Украину В. И. Карпова – одного из деятелей «дворянского совета». В качестве председателя «Постоянного совета объединенных дворянских обществ» (давно ликвидированного революцией) Самарин писал Карпову; «Когда будете на Украине, если представится возможность, соберите там остальных членов совета и устройте совещание по вопросам, которые трактуются патриархом Тихоном в его послании по поводу Брестского мира». Таково было истинное лицо Самарина, выдававшего себя за аполитичного церковного деятеля. В тот раз, однако, ВЧК освободила Самарина. А 29 августа 1919 г. в связи с делом «Совета объединенных приходов г. Москвы» он был вновь арестован.
Другим виднейшим деятелем «Совета приходов» был профессор церковного права Н. Д. Кузнецов, который специализировался на борьбе с Советской властью в «юридической области».
Дело «Совета объединенных приходов г. Москвы» рассматривалось в губернском революционном трибунале с 11 по 16 января 1920 г. с участием обвинителя Н. В. Крыленко и семи защитников. Перед судом предстали 12 подсудимых, в том числе Самарин и Кузнецов. Руководители «Совета» не признавали себя виновными, утверждая, что не имели в виду выступать против Советской власти и действовали исключительно в целях «оживления церковной жизни».
Сокрушительную отповедь реакционным церковникам дал Н. В. Крыленко. «Физиономия Совета вполне характеризуется воззванием, – заявил Н.В. Крыленко, – которое говорит: «Организуйтесь в союзы мирян, объединяйтесь повсеместно при реквизициях церковного имущества, в крайних случаях – бейте в набат». Это послание прошлось по всей республике, докатилось до Твери, Тамбова, Сольвычегодска. «Бейте в набат» – так писали в Москве, и набатный звон церковных колоколов раздавался по всей России».
Московский губернский революционный трибунал приговорил Самарина и Кузнецова к заключению в исправительный лагерь «до окончательной победы рабоче-крестьянской власти над мировым империализмом». Цветков и Фиргуф (игумен Иона) были осуждены на 5 лет, иеромонах Савва и священник Тузов – на 3 года лишения свободы каждый. Протоиерей Успенский, дьякон Смирнов, ризничий Ефрем и другие – к условному наказанию. Еще до окончания гражданской войны все осужденные к лишению свободы были выпущены на свободу по амнистии.
28 февраля 1922 г. патриарх Тихон (В. И. Белавин) и состоявшие при нем члены Священного синода русской православной церкви призвали верующих к сопротивлению представителям Советской власти при изъятии церковных ценностей для помощи голодающим. Это воззвание вызвало волну кровавых беспорядков в стране. 5 мая 1922 г. Московский революционный трибунал постановил привлечь патриарха Тихона к судебной ответственности. Такие же определения вынесли Новгородский, Петроградский, Донской и другие революционные трибуналы.
ГПУ арестовало Тихона и его соучастников – членов Священного синода – Н. Г. Феноменова, А. Г. Стадницкого и П. В. Гурьева. В июне 1923 г. расследование закончилось, и дело передали в Верховный суд РСФСР. В обвинительном заключении были изложены многочисленные факты антисоветской деятельности Тихона и его ближайшего окружения. Эти факты свидетельствовали о том, что реакционные деятели церкви под общим руководством и при непосредственном участии патриарха Тихона (Белавина), Стадницкого, Феноменова и Гурьева создали организацию, поставившую своей целью свержение власти Советов, и направляли к этой преступной цели деятельность легально существовавших религиозных объединений.