В связи с реформами ухудшились отношения между царем и патриархом Иоакимом, сторонником более консервативной линии. Федор ограничил влияние патриарха на светские дела, увеличил сборы с Церкви. Помощницей царя в его преобразованиях стала сестра Софья. Она не была старшей среди женского потомства от Милославской, старше ее были сестры Евдокия и Марфа. Но Софья выделялась умом, энергией, Полоцкий считал ее «зело премудрой девицей». К тому же она была лишь на 3 года старше Федора, фактически одного поколения и воспитания, находила с ним общий язык. А вот глава клана Милославских Иван Михайлович далеко не всегда ладил с любимцами царя Языковым и Лихачевым. И в качестве «противовеса» начал использовать Софью. Привлекал ее к совещаниям по государственным вопросам. Иногда она даже посещала заседания Боярской Думы, что само по себе было «реформой» — женщина в Думе! Ни в польском сенате, ни в британской палате лордов такое было немыслимо.
Усилилось влияние и тех, кто воспитывал Федора и его сестру — Симеона Полоцкого и молодого Сильвестра Медведева. Который стал духовником Софьи. Хотя Медведев был изрядным авантюристом, и пришелся «ко двору» не столько знаниями истории, латыни и богословия, сколько астрологии. Но она занимала важное место в тогдашней европейской культуре, вот Сильвестр и «просвещал» царя с царевной в этом отношении. А его богословские консультации оказывались очень кстати в спорах с патриархом. Через Софью шло и дальнейшее возвышение Василия Голицына. Ей нравился этот «западник». И возник взаимовыгодный дуэт. Софья ему протежировала, а он стал ее опорой.
Подрастал и царевич Петр. Но Наталья была при дворе чужой и предпочитала жить в Преображенском, которое полюбила еще при жизни мужа. Федор относился к Петру хорошо, старался, чтобы ребенок не чувствовал себя ущемленным. Когда пришла пора учить его грамоте, граверы Пушкарского приказа изготовили ему особую книгу с цветными иллюстрациями. Библиотечку дополнили «Азбука», Библия, Псалтирь, книги рассказов из истории, был заказан за границей глобус. Однако, в отличие от старших братьев и сестер, систематического образования Петр не получил. Ученых педагогов ему не искали. Когда исполнилось 5 лет, боярин Соковнин, знакомый Натальи, порекомендовал в наставники дьяка Челобитного приказа Никиту Зотова. Его и назначили — учи, как получится. И успехами мальчика в учебе никто не интересовался.
В 1678–1679 гг. в России была проведена первая перепись населения. И на ее основе правительство осуществило налоговую реформу — вместо посошного обложения, податей с «сохи» (750–1800 десятин обрабатываемой земли в 3 полях) вводилось подворное. Со двора. Что упорядочило налогообложение. Но таким образом земские власти лишились главного своего права — самим раскладывать подати. И реформа серьезно ударила по беднейшим слоям населения: и с бедных, и с богатых дворов, вне зависимости от числа работников и количества земли, стали брать одинаково. Число налогоплательщиков было увеличено также за счет «домовых людей» (холопов в хозяйствах помещиков), бобылей, сельских ремесленников. Правда, крестьяне быстро нашли средство противодействия. Ближние и дальние родственники стали окружать дома единым забором, и они превращались в «один» двор.
По примеру западных стран, Федор начал борьбу с нищенством. Было велено нищих, способных трудиться, «определять в работу», а их детей пристраивать к обучению ремеслам. При активном участии Софьи, Голицына, Полоцкого и Медведева царь вел культурные реформы. Была организована еще одна типография в Москве — Верхняя (дворцовая). В рамках кампании борьбы с нищенством начали возникать школы общего и производственного обучения при богадельнях. Вместе с Полоцким и Медведевым Федор Алексеевич в 1679 г. разработал проект создания Славяно-греко-латинской академия. Организовывалась она на базе существующего училища при Заиконоспасском монастыре, за образец бралась Киево-Могилянская академия. Но Славяно-греко-латинская мыслилась шире, ей готовилась роль первого отечественного университета, наподобие европейских. Учреждалось 8 классов. В 4 низших проходили чтение и письмо по-старославянски и латыни, географию, историю, арифметику, катехизис. В 2 средних — приемы стихосложения, красноречия. Причем для перехода на этот уровень ученик уже должен был свободно изъясняться по-латыни. В 2 высших преподавали философию и богословие. Академии передавалась государственная библиотека.