Полонофилия сказалась и в личной жизни царя. Он полюбил Агафью Грушецкую, дочь малороссийского шляхтича польского происхождения. По одним данным, Федор обратил на нее внимание во время крестного, хода, по другим — ее подсунули Языков и Лихачев. Она жила у тетки, жены думного дьяка Заборовского, не отличалась особой красотой и воспитанием. Но царю понравилась. Даже несмотря на то, что его выбор привел к конфликту с Иваном Милославским. Боярин очень обеспокоился за свое влияние на государя, пытался помешать женитьбе и начал клеветать на девушку и ее мать. Но 19-летнего царя это задело за живое, и он показал характер. На родича, которого считали всесильным, положил опалу и запретил ему являться ко двору. Кстати, подчеркнем еще одно обстоятельство: во всех тогдашних странах, даже самых «цивилизованных», незыблемой нормой для монархов оставались слова песенки — «ведь что ни говори, жениться по любви не может ни один, ни один король». А Алексей Михайлович — мог, и Федор смог. И даже формальных выборов не стал проводить 18 июля 1680 г. состоялась свадьба. Об Агафье нам известно слишком мало. Но, похоже, характер она имела добрый и покладистый. И наживать врагов в лице царских родственников не хотела. Поэтому сама же уговорила мужа простить Милославского. Хотя восстановить свое влияние он уже не смог — Федор потерял уважение к нему. Однако Софья позиции сохранила. И даже упрочила. Милославские стали теперь действовать через нее, она выдвинулась как бы на роль главы всего клана. С влиянием Агафьи некоторые исследователи связывают и ряд судебных и законодательных реформ, которые царь провел после свадьбы. Был издан указ, запрещающий мужьям продавать и закладывать имущество жен без их согласия. Другой указ смягчал процедуру следствия, требовал никого не держать долго до суда в цепях и колодках, а судам решать дела быстро. Были отменены такие виды наказания, как отсечение рук, ног и пальцев (что вписывалось и в программу борьбы с нищенством — куда же еще калекам деваться, кроме как побираться?) Отныне воров, пойманных «в татьбе» в первый и второй раз, было велено ссылать в Сибирь на вечное поселение с женами и детьми до 3 лет. А пойманных в третий раз вешали. Детей старше 3 лет требовалось не ссылать, а отдавать в работные школы. (На Западе в этот период членовредительство еще применялось очень широко, а воров ссылали на галеры или вешали после первой поимки).
Тем временем переговоры с Портой затягивались. Турки предлагали провести границу по Днепру, оставляя за Россией Киев. Москва требовала еще Чигирин и Запорожье, и чтобы на Правобережье не размещались турецкие войска. Что не устраивало Стамбул. А пока мир не был заключен, стороны предпринимали собственные шаги. В 1680 г. умер главный поборник запорожских «вольностей» Иван Сирко. И Москва этим воспользовалась. В Сечь был направлен посол Бердяев с жалованьем и предложением принести присягу царю. Казаки поспорили, покочевряжились — дескать, жалованья прислали мало, чего ж присягать? Но ведь что-то же прислали! И после дебатов все же принесли присягу.
Правобережье к этому времени представляло печальную картину. Восстания и нашествия утюжили эти края более 30 лет! Города и села лежали в пепелищах. Одни жители погибли, других угнали в рабство, а уцелевшие переселялись на Левобережье, под защиту русских. А «гетман» Правобережья Юрий Хмельницкий, как его презрительно называли — «Юрась небожчик», кончил совсем плохо. Он превратился в обычного бандита. Терроризировал селян на своей территории. Грабил, умыкал женщин на забаву, выдумывал поборы в свою пользу. Требовал платить ему выкупы за перевозку товаров, строительство домов, за свадьбы. Узнав об одной из свадеб, налетел с шайкой. Жениха убили, молодую хором изнасиловали. Ограбили дочиста гостей, били и издевались. Но, к несчастью для Юрия, отец невесты был кугь цом. Поехал в Стамбул и подал жалобу великому визирю. А султаны держали торговое сословие под особым покровительством. И, в отличие от польских королей, столь вопиющих безобразий в своих владениях не терпели. Война завершилась, никакой политической ценности Юрий больше не представлял. Был арестован и казнен за разбой.