На этой ранней стадии исправления «Пидалиона» все трое согласились сотрудничать друг с другом ради улучшения текста и достижения возможного его совершенства, какого только в силах достичь человек. Они смотрели на это как на дело всех троих. А значит, «два друга» и составителя, о которых было сказано, превратились бы в троих, как это видно и из сообщения Дорофея: «Может быть, в скором времени рецензирование будет закончено, и одна книга станет достоянием троих, а вы признаете уместными мои исправления в неверно истолкованных правилах, чтобы и ради этого все считали троих за одну душу и чтобы Обещавший быть посреди двоих или троих, собранных во имя Его, пребывал вместе с нами». Однако впоследствии Дорофей, может быть из-за возникших разногласий, перестал интересоваться вопросом авторства и обходил его молчанием.
Встреча Агапия с Дорофеем, возможно, побудила Дорофея написать первое (?) письмо к прп. Никодиму, которое, однако, не попало в руки адресата. Вслед за тем, не позднее 15 июня 1791 г., было написано еще одно письмо, которое Никодим получил, но которое, как и предыдущее, не сохранилось. Дорофей извещал Никодима о своих первых замечаниях касательно книги, в частности поднимал вопрос о нумерации правил Карфагенского собора; именно этот вопрос впоследствии вызвал прения между Дорофеем и Никодимом. К сожалению, различие намерений и убеждений привело к тому, что между ними начало расти недоверие. Это видно из того, как решался вопрос о пересылке прп. Никодиму рассмотренной копии «Пидалиона», которая находилась у Дорофея. То ли рецензент хотел сам наблюдать за внесением исправлений, ощущая всю тяжесть ответственности перед Синодом, то ли он считал, что центральное положение Константинополя (а он всегда хотел, чтобы прп. Никодим переехал туда) облегчит работу над исправлением, – но он колебался пересылать книгу преподобному. Это выражалось в его противоречивых ответах своим собеседникам: прп. Никодиму он обещал переслать книгу, а Агапию говорил, что книгу «оставил себе», «чтобы заняться ею и исправить» «косноязычные высказывания» Никодима, а также сделать прибавления и исправления в тексте, о которых сам Никодим письменно сообщал ему (письмо, однако, не сохранилось).
Из переписки прп. Никодима с Дорофеем следует, что в совместной работе над исправлением «Пидалиона» возникли первые трудности, которые навели Дорофея на тяжелые размышления. «Вас там, – пишет он, – а меня тут, вас в одном отношении, а меня, в свою очередь, в другом исправляют». Прп. Никодим пытался убедить рецензента не быть слишком настороженным и не опасаться, что с его стороны вследствие интриг может быть проявлено какое-нибудь лицемерие и коварство. В письме он говорит: «Если же существуют какие-то опасения, как бы я не внес в книгу нечто чуждое и далекое от правомыслия, то, во-первых, я молю Бога, чтобы Он никогда не попустил мне дойти до мысли о таком, а затем и я лично ручаюсь вам в том, что, если желаете, книга будет отослана к вам обратно после рассмотрения, где бы вы ни находились. Я не столь бесчестен и коварен и не дай Бог мне дойти до такого безрассудства».