Правители России: Старая площадь и Белый дом

В ноябре 1992 года Шойгу находился в Южной Осетии в качестве сопредседателя с российской стороны Смешанной контрольной комиссии (СКК) по урегулированию вооруженного конфликта между Грузией и Южной Осетией. Был сторонником «строгого согласования информации» с СКК, поступающей из зоны конфликта через средства массовой информации.

В декабре 1992 года при формировании нового правительства во главе с Виктором Черномырдиным сохранил пост председателя Госкомитета РФ по гражданской обороне, чрезвычайным ситуациям и ликвидации последствий стихийный бедствий.

В июне 1993 года, когда, во время проведения ГКЧС РФ гуманитарной операции по доставке продовольствия и эвакуации мирных жителей осажденного абхазского города Ткварчели, колонна грузовиков с продовольствием была обстреляна в районе Очамчиры, Шойгу по радио в открытом эфире обратился к российским войскам и попросил их подавить огневые точки с земли и воздуха. В результате, стрельба по автоколонне была прекращена.

В августе 1993 года возглавлял российскую часть объединенной комиссии по урегулированию грузино-абхазского конфликта.

В ночь с 3-го на 4-е октября 1993 года по просьбе Гайдара выделил для него 1000 автоматов с боезапасом из подведомственной ему системы гражданской обороны (до раздачи этих автоматов дело не дошло).

В октябре 1993 года был включен в первоначальный вариант списка кандидатов в депутаты Государственной Думы от блока «Выбор России», но выбыл из списка еще до регистрации. В интервью «Литературной газете» в сентябре 1994 года сказал, что ему «трудно представить» свое присоединение к какому-либо движению или партии, также как депутатство в Думе или Совете Федерации.

20 ноября 1994 года Указом Президента РФ Шойгу был назначен министром РФ по делам гражданской обороны, чрезвычайным ситуациям и ликвидации последствий стихийных бедствий, а возглавляемый им Государственный комитет был преобразован в министерство.

31 января 1994 года Шойгу Указом Президента РФ был введен в состав Совета безопасности РФ.

В апреле 1995 года вошел в состав оргкомитета черномырдинского Движения «Наш дом — Россия» (НДР). 12 мая 1995 года был избран в состав Совета НДР.

9 августа 1996 года ушел в отставку вместе с правительством после вступления в должность Президента Ельцина, избранного на второй срок. 14 августа 1996 года был вновь назначен министром по делам гражданской обороны, чрезвычайным ситуациям и ликвидации последствий стихийных бедствий в новом правительстве В.Черномырдина.

В сентябре 1996 года был избран президентом Международной организации гражданской обороны (МОГО).

В соответствии с Постановлением Правительства РФ от 26 октября 1996 года был утвержден председателем российской части межправительственных комиссий по торгово-экономическому и научно-техническому сотрудничеству между РФ и Кубой.

14 февраля 1997 года вошел в состав Межведомственной комиссии по предупреждению и ликвидации чрезвычайных ситуаций и стал ее председателем. Сохранил пост Министра РФ по делам гражданской обороны, чрезвычайным ситуациям и ликвидации последствий стихийных бедствий в реорганизованном в марте 1997 года правительстве Черномырдина.

С марта 1997 года — председатель российской части межправительственной комиссии по торгово-экономическому сотрудничеству с Кубой, Ливией и Нигерией.

После отставки Правительства РФ, с 25 марта 1998 года исполнял обязанности министра МЧС. 28 апреля 1998 года был вновь назначен министром МЧС в реорганизованном Правительстве РФ.

С мая 1998 года — член Государственной комиссии по военному строительству.

23 августа 1998 года Указом Президента РФ правительство Сергея Кириенко было отправлено в отставку. До назначения нового Правительства Шойгу являлся и.о. министра. 11 сентября 1998 года Указом Президента РФ вновь был назначен министром РФ по делам гражданской обороны, чрезвычайным ситуациям и ликвидации последствий стихийных бедствий.

18 ноября 1998 года Указом Президента РФ был включен в новый состав членов Совета безопасности РФ. 1 декабря 1998 года вошел в состав Межведомственной комиссии по оптимизации государственного оборонного заказа.

После отставки Правительства Примакова с 12 по 20 мая 1999 года исполнял обязанности министра. 20 мая 1999 Указом Президента РФ был вновь назначен на этот пост в Правительстве Сергея Степашина. Сохранил свою должность в новом Правительстве Владимира Путина — вновь назначен на пост министра 17 августа 1999 года.

10 января 2000 года Шойгу был назначен вице-премьером, сохранив за собой пост министра МЧС. 20 января 2000 года он был включен в состав президиума Правительства РФ.

4 апреля 2000 года был назначен председателем правительственной комиссии по миграционной политике.

18 мая 2000 года Указом Президента РФ был назначен министром по делам гражданской обороны и чрезвычайным ситуациям в правительстве Михаила Касьянова[88].

В июне 2001 года Шойгу был назначен председателем комиссии по ликвидации последствий наводнения в Якутии, вместо возглавлявшего комиссию до этого председателя Госстроя Шамузафарова.