Однако светская власть, вынужденная отступиться от жидовствующих, требования которых она пыталась использовать в своих целях, не отказалась от своих устремлений. По мере того как социальная база государства в лице дворянства и горожан укреплялась и становилась более мощной, государство усиливало натиск на имущественное положение и относительную независимость русской православной церкви. На церковном соборе 1580 г. светская власть сумела провести решение о том, чтобы архиереям и монастырям вотчин у служилых людей не покупать, в заклад по душе не брать и никакими способами своих владений не увеличивать; вотчины же, приобретенные или взятые в заклад архиереями и монастырями до принятия данного решения, отбирались в государственную казну, а царь сам должен был решать, платить за них долги или нет. Во всяком случае определенного ограничения церковных земельных владений светская власть добилась. Правда, последовавшая вскоре неспокойная и бурная событиями эпоха так называемого «смутного времени» мало способствовала проведению в жизнь этого решения. Но почин был сделан, светская власть добилась первого успеха в своем наступлении на церковное землевладение.
Следующий, более решительный шаг был сделан во время царствования Алексея Михайловича. В 1649 г. на земском соборе было принято соборное уложение, по которому церковным иерархам и монастырям запрещалось приобретение новых земель. Даже в том случае, когда умиравший вотчинник завещал свои земли какому-нибудь монастырю, разрешалось лишь получить их стоимость деньгами. При нарушении соборного уложения земли, полученные церковью, отбирались государством безвозмездно.
Православная церковь, разумеется, была крайне недовольна этим уложением, наносившим ей серьезный материальный ущерб, устами своего патриарха Никона она впоследствии назвала его «бесовским». Особое возмущение у православных иерархов вызывал учрежденный в 1649 г. Монастырский приказ, ведавший сбором доходов с монастырских вотчин и представлявший собой государственное судебно-административное учреждение.
В этот период русская православная церковь попыталась открыто заявить свои притязания на верховенство в руководстве общественной жизнью. Серьезный конфликт между светской и духовной властью был связан с реформой церковной жизни, проведенной в 1653–1660 гг. Инициатором реформы выступила светская власть. По ее замыслам, реформа должна была сделать церковь еще более послушным аппаратом в борьбе за дальнейшую централизацию государства. Проведение церковной реформы диктовалось и внешнеполитическим положением Русского государства. Россия вынашивала планы возвращения земель, захваченных Турецкой империей, и внешнеполитический курс, который был намечен царем Алексеем Михайловичем, нуждался в идеологическом обосновании. Россию надо было представить как страну, выполнявшую великую миссию защиты православного населения от нечестивых мусульман. Но для того, чтобы стать светочем христианства, требовалось повысить авторитет русской православной церкви, ликвидировать те расхождения в богослужении и в богослужебных книгах, которых к этому времени накопилось достаточное количество.
В 1652 г. на патриарший престол был возведен Никон. Проведение реформы было поручено новому патриарху. С марта 1653 г. Никон стал энергично проводить в жизнь царский приказ. Церковный собор, созванный в 1654 г., под председательством царя Алексея Михайловича, в присутствии боярской думы принял решение, согласно которому тексты церковных книг нужно было исправлять по древним славянским и греческим книгам.
Однако проведение реформы было отдано в ненадежные руки. Патриарх Никон, человек очень энергичный и властолюбивый, выражал интересы правящей церковной партии, недовольной решением, которое было принято земским собором 1649 г. Проводя реформу, Никон преследовал и свои цели, стремился укрепить церковь и вывести ее из зависимого положения. Очень скоро он выдвинул тезис о том, что «власти небесные, сиречь духовные, преизряднейше суть, нежели мира сего или временные» и поэтому «царь имать быти менее архиереля». По мнению патриарха Никона, цари не имеют права «прикасатися нам, помазанником Божиим, судом и управою чрез каноны».