В течение первых трех веков своего существования христианская Церковь жила в состоянии конфликта с окружающим миром. Вызов, который она бросила иудейской традиции, стал причиной острого противостояния между христианством и иудейством. Это противостояние началось еще при жизни Иисуса Христа: Его главными оппонентами были духовные лидеры еврейского народа — первосвященники, фарисеи и саддукеи, которые не могли простить Ему пренебрежительное, с их точки зрения, отношение к иудейским традициям. Именно они добились Его осуждения на смерть римским прокуратором Понтием Пилатом и после Его воскресения начали систематическую политику гонений против Его учеников.
Книга Деяний апостольских упоминает о великом гонении на Церковь в Иерусалиме, вынудившем христиан рассеяться по разным местам Иудеи и Самарии (Деян 8:1). Жертвой этого гонения стал Стефан, один из тех семи человек, которых апостольская община избрала, чтобы пещись о столах (Деян 6:2). Будучи арестован, Стефан предстал перед первосвященниками и в длинной обличительной речи изложил всю историю израильского народа, заключив свою речь словами: Жестоковыйные! Люди с необрезанным сердцем и ушами! Вы всегда противитесь Духу Святому, как отцы ваши, так и вы. Кого из пророков не гнали отцы ваши? Они убили предвозвестивших пришествие Праведника, Которого предателями и убийцами сделались ныне вы, вы, которые приняли закон при служении Ангелов и не сохранили (Деян 7:51–53). В ответ на эту речь, ставшую первым письменным памятником антииудейской полемики, иудеи вывели Стефана за город и там побили камнями.
Другим мучеником, пострадавшим от иудеев, стал Иаков Зеведеев, брат Иоанна, которого царь Ирод убил мечом (см.: Деян 12:1–2). От иудеев пострадали и некоторые другие апостолы, в частности Иаков, брат Господень, который, по преданию, был первым епископом Иерусалимским: его иудеи сбросили с крыши храма. Гонениям на христиан со стороны иудеев положил конец захват и разгром Иерусалима в 70 году армиями римского полководца Тита, впоследствии ставшего императором. Полемика между христианством и иудаизмом была тем не менее продолжена во II веке Иринеем Лионским и Иустином Философом, в III веке Оригеном, а в IV веке Афраатом Персидским и Иоанном Златоустом.
Гонения на христиан со стороны язычников начались в 64 году, когда значительная часть Рима была уничтожена пожаром и император Нерон, чтобы отвести от себя подозрения в поджоге, обвинил в этом христиан и евреев. Сведения об этом сохранились у римского историка Тацита:
Слова римского историка являются важнейшим для христианской Церкви свидетельством о ранних годах ее существования и о начале эпохи гонений. Их ценность обусловлена тем, что они принадлежат человеку, чуждому Церкви и настроенному враждебно по отношению к ней.