Хотя православное меньшинство получило, по воле султана, определенное место в структуре турецкого общества, вскоре стало ясно, что христианство воспринимается как второразрядная религия, а христиане — как граждане второго сорта. Они платили высокие налоги, носили особую одежду, Церкви была запрещена миссионерская деятельность, а обращение мусульманина в христианство рассматривалось как преступление. За право вступления в должность патриарх должен был платить султану огромную сумму денег, и, как правило, патриархом мог стать тот из претендентов, кто был способен больше заплатить. Султаны были, таким образом, заинтересованы в том, чтобы как можно чаще менять патриархов. Причиной частой смены патриархов были также внутренние нестроения в Константинопольском Патриархате и борьба за патриарший престол. Кроме того, любое проявление нелояльности по отношению к турецкому режиму жестоко каралось. В результате из 159 Константинопольских патриархов, занимавших престол между XV и XX веками, 105 были смещены турками, 27 вынужденно отреклись от престола, 6 были умерщвлены, и лишь 21 умерли своей смертью, находясь на должности. Один и тот же человек мог стать патриархом и быть низложен несколько раз.
После захвата Константинополя турки продолжили завоевательные походы, в ходе которых порабощению подвергались в том числе исконно православные земли. В 1459 году Мехмед II овладел Сербией. В первой четверти XVI века в результате военных походов султана Селима I в составе Османской империи оказались Александрийский, Антиохийский и Иерусалимский Патриархаты. После превращения Сербии в провинцию Османской империи автокефалия Сербской Церкви была утрачена и Церковь вошла в Константинопольский Патриархат (ранее, в конце XIV века, после завоевания Болгарии турками, в состав Константинопольского Патриархата вошла Болгарская Церковь). Древние восточные Патриархаты не были упразднены, однако фактически находились в зависимости от Константинопольского патриарха, который был единственным главой Православной Церкви на территории Османской империи, признанным государственной властью.
Турецкое завоевание в значительной степени парализовало интеллектуальную жизнь греков, остановилось развитие православного богословия. Главной задачей для Церкви было выжить и сохранить свою традицию. Это было необходимо не только ввиду постоянного гнета со стороны мусульман, но и ввиду регулярных попыток латинского Запада склонить Греческую Церковь к подчинению Риму. В поисках союзников против латинян греки устанавливали сношения с европейскими протестантами. Последняя четверть XVI века была ознаменована перепиской между патриархом Иеремией II и богословами тюбингенского университета. А XVII век ознаменовался «протестантской смутой» внутри Греческой Церкви, вызванной влиянием кальвинистских идей на Константинопольского патриарха Кирилла I Лукариса. В 1629 году в Женеве, главном центре европейского кальвинизма, под именем Лукариса было напечатано «Исповедание веры», содержавшее многие кальвинистские идеи. Сам Кирилл Лукарис, шесть раз становившийся патриархом и шесть раз низведенный с престола, закончил жизнь трагически: он был задушен янычарами, а тело его бросили в Босфор. Идеи Лукариса были впоследствии многократно осуждены на церковных Соборах, состоявшихся между 1638 и 1691 годами.
С турецким завоеванием было связано постепенное ослабление на протяжении XVI–XVII веков многих афонских монастырей и угасание на Афоне традиции исихазма. Хотя турецкие султаны покровительствовали Афону, самоуправство мелких турецких чиновников, высокие налоги, которые вынуждены были платить монахи, и пиратские набеги — все это не способствовало процветанию на Афоне монашеской жизни. К XVII веку многие монастыри Святой Горы пришли в упадок. Некоторое оживление в духовной жизни Афона наблюдается в середине XVIII века, и связано оно с движением «колливадов», охватившим афонские монастыри и перекинувшимся в континентальную Грецию. Движение началось со спора по незначительному, казалось бы, вопросу о допустимости поминовения усопших в воскресенье. В начале XIX века спор возобновился, но главным теперь стал вопрос о регулярности причащения: колливады настаивали на возрождении древней практики частого причащения, тогда как их противники считали, что причащаться надо два–три раза в год. Духовная программа колливадов, однако, не ограничивалась вопросами о поминовении усопших и о частом причащении. Колливады ставили задачей возрождение той духовной традиции, которая была связана с именами святителя Григория Паламы и исихастов XIV века и которая к XVIII веку была почти полностью забыта. Центральным пунктом программы было возрождение практики «умного делания» — молитвы Иисусовой.