2 сентября 1793 г. он был рукоположен в иеромонахи епископом Тамбовским и Пензенским Феофилом, некоторое время совершал богослужения. Он говорил: «Благодать, даруемая нам приобщением, так велика, что, как бы недостоин и как бы ни грешен был человек, лишь бы в смиренном токмо сознании всегреховности своей приступал ко Господу, искупляющему всех нас, хотя бы от головы до ног покрытых язвами грехов, – и будет очищаться благодатью Христовою, все более и более светлеть, совсем просветлеет и спасется». Он считал, что приобщаться к святым таинствам лучше как можно чаще. 20 ноября 1794 г. Серафим просил у настоятеля монастыря благословения на жизнь отшельником в пустыне, на что получает согласие и отправляется жить в лес, находящийся в нескольких километрах от монастыря. Интересно, что различным объектам, находящимся возле его избушки, он дает названия святых мест: река Иордан, Голгофа, Град Иерусалим и т. п. В отшельничестве он ежедневно молился и размышлял о Боге. Интересный факт: всю свою жизнь он устроил по образцам древних отшельников, но и добавил свое, так называемое келейное правило отца Серафима, которое включало в себя поклоны (тысячи в день). Он вновь читал и перечитывал богослужебные книги. К примеру, Священное Писание и Евангелие он перечитывал за неделю. Однако Серафим не только молился и читал. Но еще и усердно работал: заготавливал дрова на зиму, разводил пчел, сажал овощи на своем огороде. При этом он нередко пел наизусть церковные песнопения. Одежду для себя также делал сам. Обычно это были лапти и простой груботканый балахон. Когда становилось холодно, Серафим надевал подрясник из грубого плотного сукна и чулки (бахилы).
Жизнь старца была довольно суровой и трудной. Даже лютой зимой его келья не отапливалась, как бы это страшно ни звучало. Спал Серафим тоже оригинально: он не использовал ни подушки, ни одеяла, а прислонялся к стенке и клал под голову камень или полено. Несмотря на многообразие животного и растительного мира, Серафим соблюдал строгий пост по средам и пятницам и ел только один раз в сутки в любой обычный день. Как правило, его пищей был черствый хлеб и овощи, которые он выращивал сам. Но со временем Серафим усилил пост и стал употреблять в пищу лишь сушеную траву сныть. Некоторые люди утверждали, что большей частью своей еды старец делился с птицами и животными. Есть также сведения о том, что у него был даже медведь, который служил ему, и Серафим кормил его с рук. Старец не принимал посетителей, но иноков, которые, подобно ему, желали уединиться, не гнал, а старался помочь им своим наставлением. Но благословения на отшельничество он не давал, зная, какие трудности и опасности сулит им этот путь.
Однажды случилась беда: на Серафима напали разбойники, они требовали от него денег, а во время учиненного ими допроса сломали ему несколько ребер и проломили голову. Обшарив все в келье и не найдя ничего, кроме овощей и иконы, разбойники ушли, оставив Серафима умирать одного. Он с большим трудом добрел до обители и еще восемь суток пролежал на кровати, уже готовый к смерти. Но в самый последний момент Богородица, явившись ему в видении, исцелила его.
До своего полного выздоровления старец пробыл в монастыре, но потом опять ушел в свою избушку. До конца своих дней он остался сгорбленным из-за побоев и всегда опирался на палку, но своих обидчиков не винил, говоря, что во всем виноват дьявол и что именно он заставил их совершить это деяние. После всего случившегося Серафим принял обет молчания. Через некоторое время старец уже не мог ходить и работать, поэтому пищу ему приносил из монастыря послушник. Серафим клал на тарелку кусок хлеба или капусты, показывая таким образом, какая пища у него заканчивалась.
Только через 15 лет отшельничества старец вернулся в свою келью, но никуда не выходил из нее и ни с кем не разговаривал.