Анафема применялась православной церковью как средство борьбы с передовой общественной мыслью, с прогрессивным демократическим движением, с материалистической наукой, с атеизмом. «Отрицающим бытие божие и утверждающим, яко мир сей есть самобытен и вся в нём без промысла божия и по случаю бывает, — анафема!» Так возглашали священники ежегодно во всех соборных церквах в неделю православия. «Чин православия» был вновь пересмотрен в 1869 г. Из «Чина православия», по которому совершалась анафема по политическим и религиозным преступлениям, исключены были имена церковных и государственных противников, которых церковь проклинала каждый год, и оставлена была лишь общая анафема всем борцам за политическую и религиозную свободу.
В начале XX в. православные иерархи вновь прибегли к этому средству борьбы со своими противниками, на этот раз выступая против Л.Н. Толстого и его учения. Толстой вёл борьбу с Синодом и всем полицейским аппаратом господствующей церкви, но он не был противником всякой религии. Подновляя церковное учение, Толстой отвергал признанную казённой церковью обрядность, чем подрывал ее устои, но взамен проповедовал новую, очищенную религию. Он звал рабочих и крестьян к «непротивлению злу насилием», т.е. к отказу от классовой борьбы.
Синод усмотрел в деятельности Толстого «нарушение мира церковного» и отлучил его в 1901 г. от церкви12
. Отлучение было Синодом подготовлено ещё в 1890 г., когда Толстой отказался от казённой церкви и открыто выступал против неё. Но церковники не провели сразу это решение в жизнь, опасаясь, что отлучение придаст Толстому ореол мученичества и тем увеличит число его сторонников.Чествуя память Толстого в статье, опубликованной в газете «Социал-демократ», В. И. Ленин писал в 1910 г., через несколько дней после смерти писателя: «… святейшие отцы только что проделали особенно гнусную мерзость, подсылая попов к умирающему, чтобы надуть народ и сказать, что Толстой «раскаялся». Святейший Синод отлучил Толстого от церкви. Тем лучше. Этот подвиг зачтётся ему в час народной расправы с чиновниками в рясах, жандармами во Христе, с тёмными инквизиторами, которые поддерживали еврейские погромы и прочие подвиги черносотенной царской шайки»13
.Отлучение преследовало цель восстановить против Толстого все тёмные силы реакции, разжечь к нему ненависть и вражду. Однако злобные выпады духовенства и реакционных элементов не отразились на отношении к Толстому широких масс. Как вынужден был признать обер-прокурор Синода Победоносцев, послание Синода вызвало лишь «тучу озлобления». Толстой с ещё большей страстностью обличал церковь и духовенство. «Я убедился, — писал он, — что учение церкви есть теоретически коварная и вредная ложь, практически же собрание самых грубых суеверий и колдовства, скрывающее совершенно весь смысл христианского учения»14
.Казённая церковь прибегала к отлучению и для борьбы с отдельными сектами. В 1910 г. Синод отлучил от церкви и предал анафеме основателя секты иоаннитов, «братца» Иоанна Колоскова, подвизавшегося в подмосковном районе, у которого было немало сторонников среди отсталых рабочих подмосковных фабрик. Этой мерой Синод хотел приостановить рост сектантства среди рабочих и крестьян-отходников. Но репрессии по отношению к «братцу» (он подвергся аресту за устройство религиозного собрания) и предание его анафеме вызвали обратный результат, о чем с сокрушением писали московские фабриканты во главе с А. И. Морозовым московскому генерал-губернатору, настаивая на прекращении гонений на сторонников «братца» в интересах успокоения рабочих-отходников.
В 1912 г. отлучению от церкви по собственному настоянию подвергся выдающийся русский математик академик А. А. Марков (1856-1922). Марков писал, что он не усматривает существенной разницы между иконами и идолами и не сочувствует религиям, которые, подобно православию, поддерживаются огнём и мечом. Смелое выступление академика Маркова против религии и церкви было отмечено большевистской «Правдой»15
.Духовные власти грозили анафемой всем «неправославномыслящим», о чем они не раз сообщали в церковной печати и с церковных амвонов. Защищая эту меру воздействия на массы, царское законодательство лишало лиц, подвергшихся отлучению, некоторых гражданских прав, в частности отлучённых не допускали в качестве свидетелей на суде.