В июне 1514 года новгородский архиепископ Геннадий, неусыпный противник еретиков, уличенный в «мздоимстве, принужден был оставить престол свой и возвратиться в Чудов монастырь». Значит, правы были еретики, когда обвиняли епископат и духовенство в корыстолюбии, стяжательстве и других пороках, в том, что под религиозным флагом они боролись против инакомыслящих за удовлетворение своих «земных похотей».
«Самым величайшим преступлением против веры, — свидетельствует сегодня автор рукописи „Церковный суд на Руси досинодального периода“ (Загорск), — является отречение, которое понималось как сознательное отпадение от веры независимо от того, выражалось ли оно наружным отречением или переменой веры с наличием внутренней убежденности в вере христианской. Факт преступления будет считаться независимо от того, явилось ли отречение по убежденности или же только наружно, притворно». И далее богослов возвращается к первым векам христианства на Руси, когда «русской церкви приходилось бороться с язычеством, так сильно развившимся в жизни народа. По этой причине замечались в жизни церкви первоначального периода отречения от веры православной в виде поклонения и принесения жертв идолам или выполнение языческих суеверий». На идолослужение, как на преступление, смотрит и Стоглавый собор 1551 года, то есть спустя более чем пятьсот шестьдесят лет после крещения Руси.
В XVI веке русская церковь с помощью государства обрела силу и могущество, а поэтому верующие люди открыто не отрекались от православия, даже если продолжали придерживаться язычества. Для утверждения твердой веры Стоглавый собор постановил отлучать от церкви «тайных» язычников.
Сохранились документы XVII века, запрещающие языческие обряды. Без всякого судебного расследования в «Вятской стороне» преследовали христиан за участие в языческих молениях, погребение умерших в лесах и т. п.
Высшее духовенство в страхе перед «вольномыслием», еретиками поставило дело так, что не только «упорных предавали казни, а других ссылали в монастырь», но отлучали от церкви «даже тех христиан, кто читает еретические книги» (Стоглав, гл. 41, вопр. 22).
При расследовании учения еретиков духовное начальство сталкивалось с их нераскаянностью. Виновных порицали на соборах, отдавали в руки гражданских властей для наказания «членовредительством», смертной казнью; теперь уже реже принимались церковные меры— заключение в монастырь и т. д. Так, не надеясь на «помощь божию», на убеждения и увещевания, церковь беспощадно боролась против инаковерующих.
Жестоким гонениям подвергались и старообрядцы — сторонники древнерусских богослужебных обрядов и обычаев. Во второй половине XVII века после нововведений патриарха Никона они отделились от официальной православной церкви. На соборе 1667 года раскольники были осуждены, а на соборе 1681 года было вынесено решение о строгом надзоре над ними. В 1685 году по совместному указу царей Иоанна, Петра Алексеевича и Софьи старообрядцев наказывали за «хуление святой церкви и сеяние мятежа и соблазна в народе». После трехкратного призыва к покаянию упорствующих сжигали в срубах, а покаявшихся ссылали в монастыри или же они попадали под неусыпный контроль духовенства.
Преследовались даже те, кто лечил больных целебным «питьем из корней и трав».
Современные теологи признают, что «русские источники судебной дисциплины имели характер приспособления источников церковного византийского права к нашим местным условиям жизни и запросов», то есть запросов власть имущих.
Мы уже говорили, что христианство всемерно способствовало ускоренному развитию феодализма на Руси, так как православная церковь была тесно связана с византийской церковью, которая в XI веке являлась крупнейшим землевладельцем. Таким образом, церковь на Руси освящала феодализм, захватывала для себя наделы, а князья и бояре шли навстречу ее стремлениям, ибо новая социальная сила действовала в их интересах. Началось многовековое сотрудничество господствующих классов и духовенства в эксплуатации трудящихся масс.
Православная церковь, используя темноту и невежество людей, их веру в «священное писание», а когда нужно— и княжеское войско, хищнически прикарманивала общинные земли, разоряла и сгоняла с мест крестьян, предлагая им взамен «царство божие на небе». Служители культа не скупились на угрозы непокорным, закрепляя свою власть в княжеских уставах: «А кто преобидит суды церковные — платити ему собою, перед богом отвещай на страшном суде, перед тмами ангел».
«Утешение» крестом и мечом