Сам Владыка Серафим также испытал немало неприятностей в связи с пражскими событиями. Так, например, 7 сентября 1942 г. — на следующий день после публикации в немецкой прессе статей о расстреле епископа Горазда и его контактах с митрополитом Серафимом в документах Рейхсминистерства церковных дел появилась заметка: «Господин государственный секретарь просит о срочном докладе, что побудило архиепископа Серафима участвовать в этом деле».[127]
Уже в письме митр. Анастасию от 12 августа Владыка Серафим отмечал: «…деятельность епископа Горазда и части его духовенства, к сожалению, отразилась крайне неблагоприятно на положении Православной Церкви в Германии и немало скомпрометировала и меня, взявшего под свое покровительство епископа Горазда и его епархию».[128]После штурма собора свв. Кирилла и Мефодия гестапо арестовало по обвинению в помощи парашютистам еще 253 человека, в том числе девять членов руководящих органов Чешской Православной Церкви. Всех их отправили в концлагерь Маутхаузен, с сопроводительными документами, в которых было написано: «Возвращение нежелательно». Декретом рейхспротектора от 27 сентября 1942 г. та часть Православной Церкви Протектората, которую возглавлял епископ Горазд, была запрещена, ее храмы закрыты и превращены в казармы, магазины, склады и т. п., имущество конфисковано в пользу III рейха, все священники и многие миряне отправлены в концлагерь или на принудительные работы в Германию, в ходе следствия гестапо изъяло церковный архив.[129]
В служебном листке Протектората от 2 января 1943 г. было официально объявлено, что Православная Церковь в Чехии и Моравии исключена из списка признанных вероисповеданий.[130]
Нацистское руководство запретило какую-либо деятельность Чешской Православной Церкви под угрозой смерти. В течение двух с половиной лет, до конца войны верующие остались без легальных богослужений, все православные были зарегистрированы, как неблагонадежные люди.[131]Из записи застольных бесед А. Гитлера в ставке верховного командования видно, что события в Праге глубоко поразили его, и, вероятно, фюрер был лично причастен к проведению репрессий против православных священнослужителей. 4 июля 1942 г., говоря об антигосударственных поступках Церкви, Гитлер с возмущением заявил: «Достаточно вспомнить о тесном сотрудничестве церкви с убийцами Гейдриха. Они не только предоставили убежище в одном из храмов в предместье Праги, но и дали им, а также пробравшемуся к ним священнику, возможность хорошенько подготовиться в этом храме за алтарем к защите».[132]
Впрочем, в оккупированной Чехии гонениям подвергались почти все религиозные конфессии. Всего в Протекторате были заключены в тюрьму или отправлены в концлагерь 371 христианский священник. Из содержавшихся в концлагере Дахау 2720 священнослужителей и монахов различных стран 109 являлись чехами и словаками, 24 из них скончались в заключении. Самым большим преследованиям подвергались иудеи. Сразу же после создания Протектората все евреи были изгнаны с государственной службы. Общая стоимость собственности, реквизированной нацистами у евреев Богемии и Моравии, составила около 12 миллиардов чехословацких крон. К октябрю 1941 г., когда нацисты запретили эмиграцию из Протектората, его покинули 26 629 из 118 310 проживавших там евреев, большинство оставшихся в дальнейшем были убиты. Всего погибло 75 765 богемских и моравских евреев, из них 64 172 — в лагерях смерти и гетто, 6392 — в концлагере Терезиенштадт и 5201 — на территории Протектората.
30 мая 1942 г. по обвинению в укрывательстве и крещении пражских евреев был арестован и после месячного тюремного заключения отправлен в концлагерь Дахау и архиепископ Пражский Савватий (до своего ареста он преподавал Закон Божий в пражской русской гимназии). Следует отметить, что Владыка и его секретарь протопресвитер Иосиф Рыбак действительно крестили в Праге довольно большое количество евреев, спасая их, таким образом, от уничтожения.[133]
Обстоятельства этого дела остаются пока недостаточно изученными. Известно, что уже в день оккупации немецкими войсками чешских земель (15 марта 1939 г.) отделение государственной безопасности при полицейском управлении Праги арестовало иеромонаха Гавриила (в миру Альберта Мраса) по подозрению в связях с коммунистами. И хотя это подозрение не оправдалось, в квартире отца Гавриила во время обыска были обнаружены поддельные формуляры свидетельств о крещении (křestní listy). Вскоре выяснилось, что эти свидетельства иеромонах выдавал евреям.