Личность молодого архимандрита, конечно, не была широко известна среди большинства членов Собора. Но к этому времени он был известен в академических кругах, к его мнению прислушивались представители интеллигенции. Будучи авторитетным экклезиологом, он очень аргументировано показал, как патриаршество в лице первоиераршества, в лице епископской иерархии выступило в Церкви как сама собой разумеющаяся реалия, что там, где разрушается принцип иерархии, а значит, и первоиераршества, разрушается церковная жизнь.
Но уже тогда святитель пророчески представил совершенно новый образ русского Патриарха: "Теперь наступает такое время, - говорил он на лекции в Московской Академии в защиту патриаршества,- что венец патриарший будет венцом не "царским", а скорее, венцом мученика и исповедника, которому предстоит самоотверженно руководить кораблем Церкви в его плавании по бурным волнам моря житейского".
И когда 28 октября члены Собора, приняв постановление о восстановлении патриаршества, приступили к избранию Патриарха, кандидатом в патриархи был выдвинут и тридцатидвухлетний архимандрит Иларион. В этом, несомненно, выразилось признание его роли в принят и исторического постановления.
Восстановление патриаршества явилось исполнением заветного желания молодого богослова. По свидетельству одного из современников, после избрания святителя Тихона отец Иларион не смог сдержать слез умиления во время торжественного всемосковского крестного хода, в котором участвовал новоизбранный Патриарх.
После избрания на патриарший престол святителя Тихона архимандрит Иларион становится его верным помощником. 12 (25) мая 1920 года в день памяти Святителя Ермогена, Патриарха Московского и всея Руси, архимандрит Иларион был хиротонисан патриархом Тихоном во епископа Верейского, викария Московской Епархии. Святителю было 34 года. Начался путь сего избранника Божия на Голгофу вместе с Патриархом, с Церковью, с любимой им Россией.
В 1919 году он был арестован, сидел в Бутырской тюрьме около двух месяцев. После освобождения о. Иларион поселился у своего друга о. Владимира Страхова, который служил на Сретенской улице. До своего нового ареста Владыка все свое время проводил в напряженной деятельности: работал у святейшего Патриарха в Донском монастыре, почти через день совершал Литургии, проповедовал, часто сослужил Патриарху.
В 1921 году его снова арестовывают и ссылают в Архангельск {по другим данным - в Холмогоры. где жил в концентрационном лагере в самых кошмарных условиях), где он находился до 1923 года.
О жизни святителя в этот период сохранились сведения, дающие представление о его духовном облике. Н. П. Окунев в своем "Дневнике москвича" пишет: "На Страстной неделе тянуло в Церковь. Несколько раз ходил в Сретенский монастырь. Привлекал туда святитель Иларион, не своим архиерейским служением, а участием в службах в качестве простого монаха. Однажды (за всеношной со Среды на Четверг) он появился в соборном храме монастыря в простом монашеском подряснике, без панагии, в камилавке и прошел на левый клир, где и пел все, что полагается, в компании с 4- 5 другими рядовыми монахами, а затем вышел в том же простом наряде на середину и проникновенно прочитал канон, запел один "Чертог Твой вижду, Спасе мой, украшенный!" Ну!
Период, когда владыка после заключения вновь появился в Москве, грозил новыми бедами Русской Церкви и всему русскому народу. Страшный голод, голодные бунты, беспощадно подавляемые властями, насильственное изъятие церковных ценностей, вскрытие и поругание мощей... Сам святитель Тихон оказался под арестом, а по всей стране начались "процессы церковников".
Ситуацией воспользовались представители движения, созревшего в недрах Русской Церкви на рубеже веков, которые обманом захватили церковное управление. При непосредственном руководстве и опеке со стороны безбожных властей обновленцы начали проводить свою разрушительную деятельность. В мае 1923 года обновленцы провели разбойничий собор, на котором "лишили сана и монашества бывшего патриарха Тихона". Однако обстоятельства складывались таким образом, что власти были вынуждены выбрать новую политику.