В 858 г., пятнадцать лет спустя после торжества иконопочитания при Феодоре, был назначен новый Константинопольский патриарх — Фотий, известный в Православной церкви как св. Фотий Великий. Его называли «самым выдающимся мыслителем, самым крупным политиком и самым способным дипломатом из всех, кто когда–либо занимал патриарший престол в Константинополе». Вскоре после восхождения на престол Фотий оказался вовлечен в спор с папой Николаем I (858–867).
Предыдущий патриарх, св. Игнатий, был отправлен императором в ссылку и принужден к отречению от сана. Сторонники Игнатия отказывались признать действительность его отречения и рассматривали Фотия как узурпатора. Фотий отправил папе послание, где уведомлял его о своем восхождении на патриарший престол, но Николай решил не признавать Фотия сразу, а подождать дальнейшего развития конфликта между новым патриархом и партией Игнатия. В 861 г. он отправил своих легатов в Константинополь.
Фотий не горел желанием вступать в спор с папством. Он весьма почтительно обходился с легатами и пригласил их возглавить Константинопольский собор, которому предстояло рассудить его с Игнатием. Легаты приняли предложение и вместе с остальными участниками собора признали Фотия законным патриархом. Но когда они вернулись в Рим, Николай заявил, что они превысили свои полномочия, и отменил принятое ими решение. Затем он сам взялся за рассмотрение дела в Риме, и собор, состоявшийся под его председательством в 863 г., признал Игнатия патриархом, а Фотия объявил лишенным священного сана. Византийцы не обратили внимания на это осуждение и не отвечали на папские послания. Так произошел явный разрыв между Римской и Константинопольской церквами.
Очевидно, что конфликт был связан с папскими притязаниями. Николай был выдающимся папой–реформатором. Он имел весьма амбициозное представление о прерогативах Римского престола и многое сделал для утверждения абсолютной папской власти над всеми епископами Запада. Но он также считал, что его абсолютная власть простирается и на Восток: в послании 865 г. он заявлял, что облечен властью «над всей землей, а значит, над всякой церковью». Именно с этим византийцы не были готовы согласиться. В распре между Игнатием и Фотием Николай увидел прекрасный шанс укрепить свои притязания на вселенскую юрисдикцию: он должен заставить обе стороны подчиниться своему третейскому решению. Однако он понимал, что Фотий добровольно согласился на расследование дела папскими легатами, а потому этот акт нельзя рассматривать как признание превосходства папы. Вот почему (помимо других причин) Николай отменил решение легатов. Со своей стороны, византийцы не возражали против апелляций к папе — но при определенных условиях, оговоренных в каноне III Сардикийского собора (343). Данный канон гласил, что осужденный епископ может апеллировать к Риму, и папа по рассмотрении дела вправе вынести решение о повторном разбирательстве. Однако это разбирательство осуществляется не самим папой в Риме, а епископами епархий, граничащих с епархией осужденного епископа. Византийцы почувствовали, что Николай, отменив постановление легатов и потребовав пересмотра дела в Риме, вышел далеко за рамки этого канона. Такое поведение они сочли безосновательным и неканоническим вмешательством во внутренние дела другого патриархата.
Вскоре спор шел уже не только о папских притязаниях, но и о Filioque. И Византия, и Запад (главным образом Германия) добились больших миссионерских успехов среди славян. Обе волны миссионерской экспансии — с Востока и с Запада — вскоре встретились. Когда греки и немцы увидели, что действуют в одной стране, конфликт стал почти неизбежным: ведь обе миссии опирались на очень разные исходные основания. В результате столкновения естественно всплыл вопрос о Filioque, которое было в ходу у немцев, но не практиковалось греками. Главным поводом к раздору послужила Болгария — страна, которую Рим и Константинополь равно стремились присоединить к сфере своей юрисдикции. Каган Борис сперва был склонен просить крещения у немецких миссионеров, но под угрозой византийского вторжения изменил политику и около 865 г. принял крещение от византийского клира. Однако Борис хотел видеть Болгарскую церковь независимой; когда же Константинополь отказался предоставить ей автономию, он обратился к Западу в надежде на лучший результат. Получив свободу действий в Болгарии, латинские миссионеры быстро развернули наступление на греков, упирая на те моменты, в которых византийская практика расходилась с их собственной: браки духовных лиц, правила соблюдения поста и, прежде всего, Filioque. В самом Риме Filioque еще не употреблялось, но Николай оказал полную поддержку немцам, настаивавшим на его введении в Болгарии. Папство, посредничавшее между франками и греками в 808 г., больше не сохраняло нейтралитет.