Хотя победа стяжателей означала установление тесного союза между церковью и государством, церковь не полностью утратила независимость. Когда могущество Ивана Грозного достигло вершины, св. Филипп, митрополит Московский (+ 1569), отважился открыто протестовать против кровопролития и несправедливости, бросив обвинения царю в лицо во время литургии. Иван заключил митрополита в темницу и затем велел удавить его. Другим резким критиком Ивана Грозного был св. Василий Блаженный, «юродивый во Христе» (+ 1552). Безумие ради Христа — форма святости, которая обнаруживается еще в Византии, но особое положение занимает в средневековой Руси. «Юродивый» воплощает идеал самоотречения и крайнего уничижения, он отказывается от всех интеллектуальных даров, от всех форм земной мудрости, добровольно принимая на себя крест безумия. Юродивые часто исполняли важную социальную роль: будучи «дурачками», они могли критиковать власть предержащих с откровенностью, на которую никто более не отваживался. Так было и с Василием — «живой совестью» царя. Иван прислушивался к беспощадным обличениям юродивого и не только не карал, но выказывал ему подчеркнутое уважение.
В 1589 г. с согласия патриарха Константинополя глава Русской церкви был возведен из митрополитов в ранг патриарха и занял пятое место в иерархии, после Иерусалимского патриарха. Но дело обернулось так; что Московский патриархат просуществовал лишь чуть более столетия.
XVII столетие в России началось периодом потрясений и катаклизмов, получившим название Смутного времени. Страна раскололась на враждующие лагеря и пала жертвой внешней агрессии. Но после 1613 г. Россия быстро оправилась, и последующие сорок лет были временем восстановления и реформ во многих областях национальной жизни. В деле возрождения церковь играла значительную роль. Реформистское движение в церкви сперва возглавили Дионисий, игумен Троице–Сергиевого монастыря, и Филарет, патриарх Московский с 1619 по 1633 гг. (отец царя). После 1633 г. лидерство перешло к группе женатых приходских священников, в частности, к протоиереям Иоанну Неронову и Аввакуму Петровичу. Дело исправления богослужебных книг, начатое в предыдущем веке Максимом Греком, теперь осторожно возобновлялось; в Москве была основана Патриаршая типография, где начали печатать греческие книги с поправками, хотя власти не решались вносить слишком заметные изменения. На приходском уровне реформаторы сделали все возможное для поднятия нравственных норм как среди духовенства, так и среди мирян. Они боролись против пьянства, настаивали на соблюдении постов, требовали тщания в совершении литургии и других служб в приходских церквах, не допуская пропусков, поощряли частые проповеди.
Реформистская группа представляла лучшее, что имелось в традиции св. Иосифа Волоцкого. Подобно Иосифу, эти священники верили в авторитет и дисциплину, рассматривая христианскую жизнь в перспективе аскетических правил и литургической молитвы. Они уповали на то, что не только монахи, но и белое духовенство, равно как и миряне, будут соблюдать посты и проводить много времени в молитве — как в храме, так и перед домашними иконами. Их программа не делала существенных уступок человеческой слабости и была слишком амбициозной, чтобы осуществиться полностью. Тем не менее Московское государство ок. 1650 г. во многом оправдывало наименование «святая Русь». Православные из Турецкой империи, посещавшие Москву, поражались (а часто даже пугались) суровости постов, продолжительности и величию служб. Весь народ, казалось, жил как «одна огромная монашеская обитель». Архидиакон Павел из Алеппо — православный араб из Антиохийской патриархии, находившийся в Москве с 1654 по 1656 гг., — передает, что царские пиры сопровождались не музыкой, а чтениями из житий святых, как за монастырской трапезой. На службах, длившихся по семь и более часов, присутствовали царь и весь двор: «Что сказать об этих службах, настолько суровых, что от них могут поседеть и детские полосы, столь усердно посещаемых царем, патриархом, князьями и боярынями, вынужденными стоять на ногах с утра до вечера? Возможно ли поверить, что они превосходят в набожности самих отцов–пустынников?» Дети тоже не освобождались от соблюдения служб: «Более всего нас удивляли дети,.. стоящие без движения, с непокрытой головой, не выказывая ни малейших признаков нетерпения». Русская суровость не вполне пришлась по вкусу Павлу. Он жалуется, что здесь не дозволяется никакого «веселья, смеха, шуток», никакого пьянства, «вкушения опиума» и курения. «Питье табака считается особым преступлением, за которое людей даже приговаривают к смерти». Павел и другие иностранцы, побывавшие в России, рисуют впечатляющую картину, однако они, быть может, слишком сосредоточиваются на внешней стороне дела. Один грек, вернувшись на родину, заметил, что московскую религию составляют главным образом колокольные звоны.