В наихудшем положении находилась Албанская церковь, получившая автокефалию от Константинопольского патриархата в 1937 г. В 1967 г. правительство Ходжи объявило Албанию первым истинно атеистическим государством в мире: все культовые здания были закрыты, все видимые проявления религиозной веры искоренены. Репрессии с равной беспощадностью обрушивались на православных, римо–католиков и мусульман. Последний примас Албанской православной церкви архиепископ Дамиан умер в тюрьме в 1973 г. К 1991 г., когда религия начала выходить из подполья, не осталось в живых ни одного православного епископа. По стране насчитывалось менее двадцати православных священников, из которых половина были слишком больны, чтобы служить. Сейчас постепенно храмы открываются, рукополагаются священники, начала работать небольшая богословская школа. В 1992 г. главой Албанской церкви был назначен епископ Анастасий (Яннулатос) — грек, бывший миссионером в Восточной Африке. Анастасий объявил о готовности сложить с себя полномочия, как только будет найден подходящий кандидат из албанцев.
На другом полюсе находилась Румынская церковь, лучше всех сохранившая внешнюю структуру. Когда в 1948 г. коммунисты пришли к власти, закрытие храмов не стало массовым явлением. Румынская патриархия сохранила богословские академии, а также возможность вести широкую издательскую деятельность. Отчасти эта благоприятная ситуация объясняется дружескими связями, которые сумел установить с новыми правителями патриарх Юстиниан (в должности с 1948г. по 1977г.). Иногда он шокировал чрезмерным самоотождествлением с марксистской идеологией, но в то же время то был набожный пастырь, любимый и почитаемый верующими. В течение всего периода коммунистического правления в Румынии число духовенства росло, открывались новые храмы. Юстиниан был также вдохновителем возрождения монашества, основанного на лучших традициях исихазма и выказывавшего особенную приверженность Иисусовой молитве. Дух св. Паисия Величковского активно живет в сегодняшней Румынии. В стране есть несколько выдающихся старцев — таких, как о. Клеоп Сигастрийский. В 1946 г. началось издание «Добротолюбия», подготовленное крупнейшим румынским богословом XX в. о. Думитру Станилоэ (1903–1993). Это не просто перевод с греческого, но издание, снабженное введением и комментариями, основанными на западных критических исследованиях и в то же время тонко улавливающих дух православия. В 1990 г. вышел одиннадцатый том румынского «Добротолюбия». Но Румынская церковь пережила и времена гонений, особенно в 1958 г., когда многие священники, монахи и монахини были брошены в тюрьмы, в том числе и о. Думитру. В свои поздние годы Чаушеску закрыл и разрушил много церквей.
За относительную терпимость со стороны властей Румынской церкви пришлось дорого заплатить. Все стороны церковной жизни находились под неусыпным надзором тайной полиции. В результате к декабрю 1989 г., когда Чаушеску был отстранен от власти, моральный авторитет церкви был значительно подорван сотрудничеством с ненавистным режимом. Патриарх Феоктист (избран в 1986 г.) посчитал правильным отречься от престола, что и сделал в январе 1990 г., но был восстановлен в должности Священным синодом в апреле. Однако будущее руководство Румынской церкви составят, несомненно, более молодые епископы, возведенные в сан уже после окончания коммунистической эры, — такие, как митрополит Молдавский Даниил (Чиботеа).
До 1948 г. в Румынии было много греко–католиков (около 1,5 млн), но в 1948 г. они, подобно их братьям и сестрам на Украине, были силой присоединены к Православной церкви. Начиная с 1990 г. румынские греко–католики вновь подняли голову и попытались вернуть себе церковную собственность, и это вызвало — опять–таки как на Украине — значительную напряженность и обострение отношений.
Сербская церковь при коммунизме выглядела не такой процветающей, как церковь Румынии, но сохранила гораздо большую внутреннюю независимость. Службы посещаются не так усердно, как в Румынии, и в некоторых местах ощущается нехватка священников, но число студентов, готовящихся к рукоположению, сейчас значительно выше, чем в 1930–х гг. Мало монахов, но, как и в Греции, наблюдается расцвет женского монашества. Коммунистический режим попытался ослабить Сербскую церковь и поддержал основание в 1967 г. схизматической Македонской церкви. Сама она считает себя автокефальной, но не получает признания со стороны других православных церквей.