В 1979 году, когда инокиня Лидия уже десять лет подвизалась в монастыре, у нее обнаружили рак. Вскоре после операции милостью Божией она благополучно поправилась и 24 декабря того же года была пострижена в мантию. Постриг совершил Митрополит Филарет, находившийся в то время в Австралии на съезде молодежи. Владыка Филарет дал новопостриженной имя в честь святой Евпраксии, девы Тавеннской, житие которой особо любил.
Пять лет матушка подвизалась в обители в монашеском чине. Однажды сестра при ярком дневном свете увидела над монахиней Евпраксией блестящий золотой крест. А посещавший обитель Архимандрит Арсений всегда считал ее будущей настоятельницей. И даже игумения Елена (Устинова) незадолго до своей кончины в Светлую седмицу 1984 года сказала монахине Евпраксии, что хотела бы видеть ее следующей настоятельницей монастыря. На праздник святых жен-мироносиц 12 мая 1984 года матушка Евпраксия была избрана и возведена в сан игумении.
За 22 года, пока матушка возглавляла монастырь, обитель благоукрашалась: была построена и освящена великолепная Казанская церковь, сестринский корпус, устроена колокольня. Вход в монастырь украсила арка. Но в те же годы матушка пережила много скорбей и испытаний. Подвижница вставала в 4 часа утра, чтобы молиться о всем мире, о Православной Церкви, о сестрах, о благотворителях, о тех, кто обижал ее, и о тех, кого, как ей казалось, она чем-то огорчила. Она часто вспоминала слова из пятидесятого псалма: «Жертва Богу дух сокрушен. Сердце сокрушенно и смиренно Бог не уничижит»; и еще - из Антифона 4-го гласа: «Святым Духом всяка душа живится, и чистотою возвышается, светлеется Троическим Единством священнотайне».
Посвидетельству сестёро матушка любила повторять: «Чему быть, того не миновать. На все воля Божия», - и с лучистой улыбкой добавляла слова Митрополита Филарета: «Все бывает как Бог определит, и это всегда к лучшему!» Много времени матушка посвящала духовному чтению, в основном Святых Отцов и творений святого праведного Иоанна Кронштадтского.
Она стяжала дар обильных слез. А еще Господь даровал матушке Евпраксии и редкий дар непрестанной молитвы. Келейница матушки монахиня Мария много раз была свидетельницей того, как матушка даже во сне продолжала молиться и тихонько петь псалмы. Неудивительно, что незадолго до того, как Синод наградил ее правом ношения второго Креста (который чудесным образом попал к матушке со Святой Горы Афон), матушка сподобилась явления в своей келье Преподобного Серафима Саровского. А на следующий день после получения креста, на рассвете, матушка увидела в своей келье. Саму Царицу Небесную, державшую над ней Крест, словно помогая игумении нести его.
Игумения Евпраксия никогда не отличалась крепким здоровьем. К концу своего земного пути она становилась все слабее и потому большую часть времени проводила в келье в молитве. За неделю до смерти у матушки развилась сердечная аритмия, и ее пришлось госпитализировать. Вскоре ее выписали, и, казалось, матушка пошла на поправку. Но 18 июля по возвращении от кардиолога в машине у игумении Евпраксии случился инсульт, это привело к левосторонней парализации. Священник Борис Игнатьевский причастил матушку сразу после случившегося в палате интенсивной терапии, а также и на следующий день, в день кончины матушки, в больничной палате.
Близкие друзья нескончаемым потоком шли к болящей игумении, чтобы испросить прощения и получить последнее благословение. Каждую из сестер матушка благословляла в больничной палате по отдельности. Поздно вечером 18 июля отец Владимир Цуканов совершил над ней таинство Соборования. 19 июля игумения Евпраксия перенесла подряд два инсульта. Казалось, конец приближался. Матушка была в сознании и крепко сжимала руку своей келейницы монахини Марии. За час до кончины матушка стала тяжело дышать. Монахиня Мария это заметила, взяла деревянный крест матушки и поднесла его к губам игумении, затем подняла ее правую руку и положила крестное знамение на лоб, грудь и плечи, после чего матушка тихо отошла ко Господу.
Тело матушки, облаченное в монашеское одеяние, привезли в обитель накануне престольного праздника монастыря - дня празднования Казанской иконе Божией Матери. На отпевание и похороны игумении Евпраксии прибыли девять священнослужителей во главе с Архиепископом Сиднейским, Австралийским и Ново-Зеландским Иларионом. Трогательно совершалась заупокойная служба. Крест, который несли во главе погребальной процессии, казался невесомым и знаменовал победу. Многие люди признавались позже, что в тот момент они чувствовали не скорбь, а скорее Пасхальную радость.
Сороковой день со дня кончины матушки выпал на Успение Пресвятой Богородицы. В этот день также празднуется память пророка Михея. Это особенно знаменательно, ведь именно иконой пророка Михея благословили матушку в день ее возведения в сан игумении, и потому она всегда считала пророка Михея своим защитником и покровителем.