Старец Антоний пробыл начальником скита четырнадцать лет, когда епископ Калужский Николай, враждебно относившийся к старчеству и причинивший много горя игумену Моисею, назначил его родного брата, преподобного Антония, настоятелем Малоярославецкого Николаевского монастыря. В это время старец Антоний переступил сорокалетний возраст и на ногах его открылись раны – последствие его подвигов и трудов. Ему было крайне тяжело расставаться с созданным его трудами уединенным Оптинским скитом, где его окружала всеобщая любовь, со своим братом, который был его старцем. Начальствование в чуждых ему условиях жизни являлось для него тягчайшим и величайшим крестом.
Больной настоятель игумен Антоний часто мог только лежа давать приказания и не был в состоянии следить за точным исполнением своих распоряжений. Он многократно просился отпустить его на покой, но епископ Николай был неумолим. Четырнадцать лет продолжались его страдания. Иногда он должен был ездить в Москву за сборами пожертвований на окончание монастырских построек. В Москве преподобный Антоний пользовался особым вниманием со стороны митрополита Филарета, который понимал духовное устроение смиренного подвижника-страдальца. Он полюбил его и приглашал его к сослужению с собой, оказывал ему знаки отеческой милости и утешал беседами.