В ожидании отъезда между послом и женевцем завязались теплые, дружеские отношения. Временами они подолгу беседовали, обсуждая последние новости политики и светской жизни, обедали и вместе ездили на охоту. Франц втайне надеялся при содействии Гебдона поступить на службу в шведскую армию. Этим мечтам не суждено было сбыться. Ввиду нестабильной политической обстановки и во избежание новой войны с Турцией на неопределенное время вводился запрет на выезд за пределы границ государства для всех иноземных солдат и офицеров, находившихся на территории России. Однажды судьба свела Лефорта со вдовой подполковника Сугэ, у которой была на выданье очаровательная дочь Елизавета. Если первый, несостоявшийся союз с дочерью полковника Крафойрда диктовался, скорее, расчетом, и Лефорт отказался от него без особых терзаний, то к дочери вдовы он испытывал искренние нежные чувства. На сей раз, не обременяя себя испрашиванием официального разрешения от маменьки и старшего брата, Франц смело пошел под венец. Мать Лизоньки, урожденная фон Бокговен, проживала в России с 1648 года. Ее родители – приверженцы Католической церкви, боясь расправы, эмигрировали из Англии во время обострившихся гонений на католиков. По материнской линии супруги, давние приятели Лефорта – Поль Менезес и Патрик Гордон – приходились Елизавете родней, что упрочило положение женевца в глазах иноземной элиты.
Пустив корни в Российской земле, Лефорт проникся чаяниями самой России. В июле 1678 года он обратился в Иноземный приказ с повторной просьбой о принятии на российскую военную службу. Последовал царский указ: «Принять в службу иноземца Франца Лефорта, с чином капитана».
В этом же году Лефорта зачисляют на должность командира роты Киевского гарнизона, входившего в состав корпуса князя Василия Васильевича Голицына. Комендантом Киева назначили новоиспеченного родственника Лефорта – полковника Патрика Гордона.
Почти три года провел Франц Лефорт в военных походах против турок и крымских татар. На поле брани он всегда находился в самой гуще сражений. Жена и теща, которых он вывез в Киев, редко видели его в домашней обстановке.
По окончании военных действий Лефорт вернулся в московскую Немецкую слободу. За доблесть, проявленную в бою, командование удовлетворило его прошение об отпуске на родину с сохранением воинского жалованья. 16 апреля 1682 года блудный сын наконец ступил на родную землю, где не был без малого восемь лет. В своем дневнике 16-летний Людовик Лефорт (старший сын Ами Лефорта) так описывает встречу с дядюшкой: «Франц Лефорт был принят своими родными и соотечественниками, любившими и истинно уважавшими его, самым радушным образом. В беседах своих он представлял картину России, вовсе несогласную с описаниями путешественников. Он старался распространить выгодное понятие об этой стране, утверждая, что там можно составить себе очень хорошую карьеру и возвыситься военною службою. По этой причине он пытался уговорить своих родственников и других отправиться с ним в Россию.