Не терпимый во Франции, революционер сбежал в Брюссель, где возобновил знакомство с Марксом. Его письмо того времени уже демонстрирует острейшую озлобленность, для которой впоследствии ему представится больше повода:
«И немцы, и кустари, и Бронштедт, и Энгельс, и прежде всех Маркс заняты своими обычными кознями. Заносчивость, злоба, пересуды, любоначалие в теории и малодушие на деле, рассуждение о жизни и абсолютное незнание жизни. Зачитавшиеся спорливые ремесленники гадко кокетничают: „Мещанский ваш Фейербах“, а само слово „мещане“ стало эпитетом, повторяемым до отвращения — ими, которые сами провинциальные мещане с головы до пят и до мозга костей. Одно слово: лживая глупость и глупая ложь. В этом обществе невозможно дышать свободно, я держусь в стороне от них и предельно ясно объявил, что не пойду в их коммунистический союз ремесленников, в котором мне делать решительно нечего».
Февральская революция 1848 года вновь поманила Бакунина в Париж, а оттуда — в Германию. Он рассорился с Марксом по пункту, в котором позднее признал свою неправоту. Поучаствовал в пражском Славянском съезде, на котором не признали его агитацию за славянское восстание. В 1848 году он накропал
Тем временем не дремала и реакция. Майское восстание 1849 года в Дрездене на какие-то пять дней подарило революционерам город. Они установили революционное правительство, а Бакунин стал сердцем защитников революции против прусских белогвардейцев. Однако после поражения бунтовщиков был в конце концов задержан, когда пытался бежать с Хойбнером и Рихардом Вагнером, который плена избежал.
Так Бакунин начинает длительное путешествие по тюрьмам мира. Приговорённый саксонским правительством к казни 14 января 1850 года, он за пять месяцев дождался смягчения приговора и передачи в Австрию, претендовавшую на казнь революционера. Австрияки приговорили Бакунина к казни в мае 1851 года, но приговор опять смягчили, заменив на пожизненное заключение. В австрийских тюрьмах анархист был скован по рукам и ногам, а в одной из них — даже пристёгнут к стене. Наверняка наказывать Бакунина очень приятно, раз и Россия не упустила случая затребовать узника себе. Присланного из Австрии заточили сперва в Петропавловской крепости, а затем в Шлиссельбурге. Цинготным он лишился всех зубов, окончательно расстроил своё здоровье, мало что съедобное мог усвоить. «Но плотью не моществуя, он не сгибался духом. Больше всего боялся одного: как бы подрывное рвение тюремщиков не довело его до деградации, коей пример показан Сильвио Пеллико. Страшился угасания злобы, которой держался и которую мог потерять ради всепрощения и смирения судьбе. Но опасения излишни: силы не оставляли его ни на день, выведя из темницы таким же, каким он туда попал».
После смерти царя Николая многие политзаключённые освободились по амнистии, однако Александр Второй собственной рукою вычеркнул Бакунина из списка. Добившись аудиенции у нового царя, мать Бакунина услышала в ответ: «Сударыня, доколе сын Ваш будет в живых, он свободен не будет». Тем не менее, в 1857 году после восьми лет заключения он был отчасти освобождён — отправлен в Сибирь. Оттуда в 1861 году ему удалось бежать в Японию, а там — через Америку в Лондон. Поразительно, но, вдоволь натерпевшись от правительств, но не развил ожидавшийся от него стокгольмский синдром. С этого момента он с головой ушёл в пропаганду анархистского переворота, впрочем, безнаказанную. Несколько лет жил в Италии, где в 1864 году основал Интернациональное братство, в которое входили люди многих стран, по-видимому, кроме немецких. В основном, братство боролось с мадзинивским национализмом. В 1867 году Бакунин обосновался в Швейцарии, где в следующем году посодействовал формированию Международного альянса социалистической демократии, которому составил программу. В ней лаконичное резюме взглядов Бакунина.