Изложив в своем философском трактате «Первые черты системы природы» основной взгляд на природу как на развивающееся целое, Горянинов не отступал от этой идеи в течение всей своей последующей научно-литературной деятельности. Спустя девять лет он переработал свое первое сочинение и в 1843 г. издал его вторично под другим названием, которое по-русски можно перевести: «Четырехчленная система всей природы». Эта последовательность во взглядах нашего ученого тем более замечательна, что высшее ученое учреждение того времени, каким была Академия наук, встретило философский трактат Горянинова неодобрительно и осудило его как попытку беспочвенного умствования в естествознании. Однако среди современников Горянинова нашелся научный работник, который уяснил идеологическое значение сочинения Горянинова. Это был врач-писатель Кондратий Иванович Грум-Гржимайло, предок известного географа-путешественника Г. Е. Грум-Гржимайло. Он издавал много лет подряд медицинский журнал «Друг здравия», сыгравший в свое время большую просветительную роль. В этом журнале Грум-Гржимайло поместил очень сочувственный отзыв о трактате Горянинова, из которого видно, что рецензент ясно понял великое научное значение идеи Горянинова: «Это — смелый, гениально-аналитический взгляд на земную природу», — так охарактеризовал Грум-Гржимайло основную мысль Горянинова. Однако голос рецензента остался одиноким, и трактат русского ученого был совершенно забыт и получил должную оценку лишь в наше время, через сто с лишком лет после его появления.
Скептическое отношение к взглядам Горянинова, которое он встретил со стороны Академии наук, не заставило его, однако, отказаться от своих мнений, и он продолжал проводить их и в последующих своих сочинениях, именно в своих учебниках минералогии, зоологии и ботаники.
В учебнике минералогии, вышедшем в 1835 г., Горянинов проводил мысль, что минеральный мир также по-своему живет, между различными царствами природы нет резких переходов и вся природа от камня до человека представляет единое развивающееся целое. При этом он указывал на кристаллы, которые якобы обладают некоторыми свойствами, сходными со свойствами живых тел, например, способностью роста.
В 1837 г. Горянинов напечатал объемистый (около 800 страниц) учебник зоологии. В этой книге также проводится, хотя и в очень осторожной форме, мысль о родственно-кровной связи животных между собою, причем изложение начинается со «срединного царства» — животно-растений, и материал дается в восходящем порядке — от инфузорий до млекопитающих. К сожалению, Горянинов, не будучи по специальности зоологом, слишком положился на немецкого зоолога Окена и ученика последнего, Каруса, заимствовав их натурфилософские схемы, в которых оказалось много надуманного и искусственного. Этим воспользовался реакционный писатель того времени Сенковский, редактор весьма распространенного журнала «Библиотека для чтения». Он жестоко «разделал» книгу Горянинова в своем журнале, заявив под конец, что ее «надо бросить в огонь и для чести русских наук забыть о ней как можно скорее». Таким образом, все ценное, что было в сочинении Горянинова, было высмеяно и опорочено. Отрицательный, хотя и сдержанный отзыв дала и Академия наук. Один только Грум- Гржимайло поддерживал оскорбленного автора, но это было для него лишь малой каплей утешения.
В 1841 г. вышел в свет третий учебник Горянинова для высших учебных заведений: «Основания ботаники». В этой книге идея эволюции также получила ясное отражение. Автор подробно указал на значение естественного метода в построении системы растений, причем назвал этот метод основной целью изучения ботаники. Предложенная им оригинальная система растительного царства носит определенно филогенетический характер, так как построена на родственных отношениях отдельных групп и дает картину развития растительного мира от низших к высшим. Профессор Б. М. Козо-Полянский справедливо считает Горянинова на основании его системы растений «пионером эволюционной ботаники».
К сожалению, и этот труд Горянинова не встретил признания у современников. Влиятельный журнал того времени «Отечественные записки» поместил о книге Горянинова скептический отзыв, причем совершенно не удостоил вниманием оригинальную систему Горянинова.
Таким образом, Горянинов как ученый оказался непризнанным в своем отечестве. Эти неудачи произвели на него очень тяжелое впечатление, и под конец жизни он впал в такое угнетенное душевное состояние, что ничего не хотел больше издавать под своим именем.
Главной чертой Горянинова была любовь к науке, соединенная с широким обобщающим мышлением, большими разносторонними познаниями и выдающимся трудолюбием. Будучи человеком очень мягкого и даже робкого характера, он не имел никакого желания вступать в полемику для отстаивания своих научных воззрений, хотя никогда не отказывался от них.