Начало царствования Бориса вызвало всеобщее одобрение. Царь заботился о бедных, жестоко преследовал «злых» людей, приглашал на русскую службу иностранцев и предоставлял льготы заморским купцам. Свое внимание он обращал более всего на устройство внутреннего порядка в стране. Но, увы, при всем том новый царь не отличался государственной дальнозоркостью. Он оказался первым в России «бескнижным» государем, то есть практически безграмотным. Отсутствие образования, несмотря на наличие здравого смысла и ума, сужало круг его воззрений, а эгоизм и чрезвычайное себялюбие мешали стать по-настоящему значимой фигурой своего времени.
Но главное — он совершил большую стратегическую ошибку. Будучи избранным на царство Земским собором, ему, по словам В. О. Ключевского, «следовало всего крепче держаться за свое значение земского избранника, а он старался пристроиться к старой династии...». Он вызвал возмущение и гнев родовитых дворян, много натерпевшихся при Грозном и теперь желавших ограничения всевластия избранного царя. Борис, чувствуя недовольство бояр и опасаясь за свою власть, создал сеть полицейского надзора, опорой которой были доносы и клевета. Начались опалы, пытки, казни. Сам же царь все время теперь проводил во дворце, редко выходил к народу и не принимал, как это делали прежние цари, челобитных.
Начало XVII века оказалось временем необыкновенно бедственным для народа: год за годом следовали неурожаи. Люди ели траву, кору деревьев, кожу, говорили и о каннибализме. Вымирали целые селения. Народ ожесточился. Начались спекуляция хлебом, голодные бунты, разбои, воровство, мор... В народе возникло убеждение: царствие Бориса не благословляется небом; если утвердится на престоле род Годуновых, это не принесет Русской земле счастья.
Лжедмитрий I
Год 1604-й. По Москве разносится громкая весть: агенты Годунова зарезали в Угличе подставного ребенка, а настоящий царевич жив и идет из Литвы добывать прародительский престол. Так появляется главная фигура Смутного времени — Лжедмитрий I. Кто на самом деле был этот человек, точно не известно до сих пор. Хотя давно существует мнение, идущее еще от Годунова, что самозванцем стал сын галицкого мелкого дворянина Юрий Отрепьев, в иночестве Григорий, позже беглый монах Чудова монастыря.
Названного Дмитрия поддерживал польский король Сигизмунд, правда, на жестких условиях: вступив на престол, Дмитрий возвратит польской короне Смоленск и Северскую землю, дозволит сооружать костелы, окажет помощь Сигизмунду в приобретении шведской короны и будет содействовать соединению Московского государства с Польшей. Своих условий потребовал от Дмитрия и польский воевода Юрий Мнишек (несмотря на влиятельные связи, этот человек пользовался в отечестве самой дурной репутацией) — жениться на его дочери Марине, отдать ей во владение Новгород и Псков, заплатить его, Мнишека, долги. Дмитрий дал обещания и королю и Мнишеку, но исполнил впоследствии только одно — женился на Марине, в которую был безумно влюблен.
Итак, получив от польского короля 40 000 злотых и воспользовавшись недовольством в народе Борисом, Дмитрий пишет грамоты московскому люду и казакам, в которых именует себя законным наследником русского престола. По мере приближения к московским пределам силы его увеличиваются, русские прибывают к нему с разных сторон и присягают на верность. Вскоре в войске самозванца уже 15 000 человек, а русские города продолжают изменять Борису один за другим.
В разгар борьбы с Лжедмитрием, 13 апреля 1605 года, в возрасте 53 лет от апоплексического удара неожиданно умирает царь Борис. На следующий день останки его были погребены в Архангельском соборе Кремля — усыпальнице русских царей. Народ московский, казалось бы, без ропота присягнул шестнадцатилетнему Федору Годунову, но повсюду слышалось: «Не долго царствовать Борисовым детям! Вот Дмитрий Иванович придет на Москву». И действительно, Федор Борисович не царствовал и двух месяцев. Зная о приближении к Москве Лжедмитрия I, московские бояре подняли восстание и жестоко расправились с семьей Годунова: царицу-мать Марию удавили, отчаянно сопротивлявшегося Федора задушили, а его сестру, красавицу Ксению, заточили в монастырь. Тело Бориса выбросили из царской усыпальницы и вместе с телами вдовы и сына зарыли во дворе беднейшего Варсонофьевского монастыря. (Лишь после Смутного времени прах Бориса, Марии и Федора перезахоронили в Троице-Сергиевой лавре.)