В 1862 году болезненного старца Амвросия постигла новая болезнь. В конце сего года в зимнее время он поехал из скита в монастырь, для того чтобы навестить новопостриженных монахов, которые им, как духовным отцом, приняты были от Евангелия. В числе постриженных в это время был и монах Анатолий, из окончивших курс Калужской духовной семинарии, впоследствии скитоначальник, старец. Во время этой поездки отец Амвросий какими-то судьбами вывалился из саней и получил вывих руки. При неудачном лечении он долго и сильно страдал.
Здоровье его, и без того слабое, теперь еще более ослабело, так что с сего времени он уже не мог ходить в храм Божий на церковные богослужения, даже и сообщался Святых Таин Христовых в келье и до самой кончины своей в зимнее время не мог выходить на воздух.
В 1865 году простился старец Амвросий с последним Оптинским великим духовным мужем отцом игуменом Антонием, бывшим (вместе с родным братом своим отцом архимандритом Моисеем) основателем и устроителем Оптинского скита. Он скончался в том же году 7 августа. Обращавшиеся к нему за духовными советами монахи и миряне теперь также стали обращаться к старцу Амвросию. Таким образом, чем более старец Амвросий жил, тем более умножалось число его посетителей, а вместе и получаемых им писем. К нему шли и писали люди разных званий и состояний, пола и возраста. Слава о нем уже далеко теперь стала распространяться. Он стал известен и великому святителю Московскому митрополиту Филарету, который в том же 1865 году с одним бывшим в Москве оптинским монахом прислал старцу на благословение образок Спаса Нерукотворного. Этим, думается, святитель выразил свое желание, дабы Всеблагий Господь помог новому старцу поддержать оптинское братство в единстве духа и возглавить его, как прежде писал наместнику Сергиевой лавры отцу архимандриту Антонию.
К концу описываемого периода жизни старца Амвросия он, как значится в скитской летописи, неоднократно подвергался обычной своей жестокой болезни — геморроидальному кровотечению. Так, он опасно заболел 28 августа 1868 года. Кровотечение продолжалось ежедневно целых пять недель. По случаю отсутствия из Козельска уездного врача, он девять дней оставался без медицинской помощи. И только 6 сентября приехал из Белева, по приглашению, врач Куявский, который и подал страдальцу некую помощь. Впрочем, упорная болезнь старца совершенно не прекращалась. Посему бывший в это самое время в Оптиной пустыни почитатель старца Амвросия и его духовный сын — граф Александр Петрович Толстой, вместе с другими духовными детьми уважаемого старца, предложили отцу игумену Исаакию послать монаха в с. Калуженку (верстах в 70 от Оптиной) с просьбою к тамошнему священнику привезти в монастырь известную святыню — чудотворную Калуженскую икону Божией Матери, чтобы всем вместе духовным чадам старца Амвросия помолиться перед нею о его исцелении. Святую икону не замедлили привезти, и в кельях старца отслужен был молебен с акафистом Царице Небесной, а затем и келейное бдение. После сего хотя еще немалое время страдал старец, но уже то было хорошо, что среди оптинского братства оживилась надежда на милость и помощь Матери Божией, которая и не посрамила уповавших. Между тем 17 сентября старец был особорован, а 22-го числа того же месяца приехал из Калуги по приглашению доктор Бабушкин и облегчил болезнь старца.
Но едва только успел болезненный старец несколько оправиться от своей жестокой болезни, как 1 ноября, от несоблюдения осторожности, после принятия ванны простудился и снова заболел. Простуда перешла на правый глаз, в котором сделалось воспаление, так что старец месяца два не мог читать.