Он созвал монастырский собор из старших иеромонахов по поводу особливого, необычного жития пустынника, и они решили: предложить о. Серафиму, будь он здоров и крепок ногами, по-прежнему ходить в обитель по воскресным и праздничным дням, и причащаться Святых Таин; если же ноги его уже не служат, то возвратиться ему в монастырь на всегдашнее жительство в своей келье.
Это решение должен был передать ему брат, носивший пищу, при первом же приходе к нему в пустыньку. Отец Серафим молча выслушал и отпустил его, не промолвив ни единого слова. Решение монастырского собора было столь неожиданным, что оно застало молчальника как бы врасплох: он привык к послушанию, но есть ли на это и Божья воля? Должно ли оставлять святое и спасительное безмолвие, если и на него он пошел тоже по благословению святых отцов своих — Иосифа, Пахомия, Исаии? Да и легко ли ему теперь, после 16 лет, оторваться от сладкого безмолвия и возвратиться в обитель?
Привыкший к безусловному послушанию, о. Серафим не мог сойти с этой, спасительной для многих, стези. Но еще меньше он мог оставить «блаженное безмолвие». Выход он, подобно Григорию Богослову, нашел в среднем пути: он решил жить в монастыре, как бы в пустыни, быть вместе с другими телом, но безмолвствовать духом. Преподобный решил жить в обители — в затворе: так сочетаются и внешнее послушание и внутреннее безмолвие. Лишь увеличится сила подвига, ибо в монастыре хранить безмолвие духа, даже в затворе, будет труднее.
Брат передал настоятелю, как дело было. Отец-настоятель, может быть, узрел в этом молчании признак своей воли, велел послушнику в следующее воскресенье повторить ему решение собора.
Принеся пищу на будущую неделю, послушник повторил предложение. На этот раз о. Серафим благословил брата и вместе с ним пришел в монастырь. Это было 8 мая 1810 года, после 15-летнего пребывания о. Серафима в дальней пустыньке, на 51-м году его жизни.
Вступив в монастырские врата, после 15-ти летнего пребывания в пустыне, о. Серафим, не заходя в свою келью, отправился прямо в больницу. Это было днем, до наступления всенощной. Когда ударили в колокол, преподобный явился на всенощное бдение в храм Успения Богородицы. Весть об этом быстро распространилась среди братии: удивились, но и обрадовались они, что батюшка решился опять жить среди них.
Но удивление их возросло еще более, когда произошли следующие обстоятельства: на другой день преподобный Серафим пришел, по обычаю, в больничную церковь к ранней литургии и причастился Святых Христовых Таин, а оттуда направился к отцу игумену Нифонту, и получил от него благословение жить в затворе в своей монастырской келье. После этого пошел он в свою прежнюю келью и затворился в ней.
Жизнь его и внутренне и внешне проходила приблизительно так же, как и в пустыньке. Разница заключалась лишь в том, что он уже никого решительно не принимал, ни с кем не говорил. Кроме того, он не мог уже по-прежнему заниматься здесь и физическим трудом, уделял этому лишь малое время. И потому весь и всецело отдался только молитве, богомыслию, чтению слова Божия и святых отцов, освободившись от всяких иных забот и попечений.
Келья его была узкая, тесная, два маленьких окна ее выходили на овраг. Постелью служил мешок с песком и камнями, обрубок пня заменял сиденье. Кучка дров лежала перед печкой, которая никогда не топилась. Для себя отец Серафим не употреблял огня, и только перед иконой Божией Матери «Умиление», которую он называл «Всех радостей Радость», горела неугасимая лампада.
Питьем его была одна вода, а в пищу он употреблял только толокно да кислую капусту. Все это доставлял ему живший рядом с ним по келье монах, о. Павел. Затворник, чтобы никто не видал его, накрывал себя большим полотном; и, взявши блюдо, стоя на коленях, как бы принимая пищу из рук Божиих, уносил ее в келью. Там, подкрепивши себя пищею, посуду ставил на прежнее место, опять скрывая лицо себе под полотном. Случалось так, что старец и вовсе не являлся брату; и носивший пищу опять уносил все, что было предложено: старец оставлял себя без вкушения пищи.
Одеждой преподобному служил неизменно один и тот же белый холщовый балахон и черная крашеная шапочка. На груди его висело медное Распятие, благословение матери; а на плечах, под балахоном, он носил для умерщвления плоти, поддерживаемый веревками, большой пятивершковый железный крест. Вериг и власяницы он никогда не носил, и говорил впоследствии вопрошавшим его о пользе ношения вериг: «Кто нас оскорбит словом или делом, и если мы переносим обиды по-евангельски — вот и вериги наши, вот и власяница».
Нес преподобный и другие подвиги. Как и в пустыньке, о. Серафим совершал все ежедневные службы, кроме литургии, и выполнял свое келейное правило. В остальное время он предавался подвигу умной молитвы, творя попеременно то молитву Иисусову, то Богородичную.