Относительно Казанской церкви преподобный Серафим говорил: «Казанская церковь, радость моя, такой будет храм, какого и нет подобного! При светопреставлении вся земля сгорит, радость моя, и ничего не останется. Только три церкви со всего света будут взяты целиком неразрушенными на небо: одна-то в Киевской Лавре, другая... (сестрами забылось), а третья-то ваша Казанская, матушка. Вот, какая она Казанская-то церковь у вас! Все место, освященное подвигами матушки Александры и прочих, взойдет в этот храм, а теперешняя-то церковь останется лишь как бы ядрышком».
При советской власти, в 1940 году, храм был закрыт, купол и колокольня были разрушены, долгое время в церкви размещался склад.
После возрождения Дивеевской обители, в 1992 году, Казанская церковь была передана монастырю. Весной 2003 года приступили к ремонту храма и восстановлению колокольни и купола. 31 октября 2003 года состоялось торжественное водружение креста на вновь построенную колокольню, а 24 декабря — на купол Казанской церкви. Были отреставрированы сохранившиеся росписи храма, а также созданы новые композиции, отражающие события истории Дивеевской обители. 31 июля 2004 года, накануне дня 250-летия со дня рождения преподобного Серафима, состоялось торжественное освящение главного престола восстановленной Казанской церкви. 8 сентября преосвященный Георгий, епископ Нижегородский и Арзамасский, освятил правый придел во имя первомученика и архидиакона Стефана, а 17 октября — левый придел во имя святителя и чудотворца Николая.
Храм Рождества Христова был пристроен ко входу в храм Казанской иконы Божией Матери так, что алтарь Рождественской церкви оказался на месте паперти Казанской. «Паперть эта достойна алтаря, ведь матушка Агафья Семеновна, стоя на молитве, всю токами слез своего смирения омыла ее», — говорил преподобный Серафим.
Строителем Рождественских церквей с благословения батюшки Серафима был Михаил Васильевич Мантуров. За год, к лету 1829 года, церковь была в основном построена. Преподобный Серафим пожелал, чтобы эта церковь была непременно освящена в день Преображения Господня; и сказал, что если она не будет освящена в это лето, то останется неосвященной до следующего праздника, ибо так угодно Господу.
Наскоро были привезены два местных образа из соседнего села, так как иконостаса еще не было. Трудно было сочетать три службы: Рождеству Христову, Преображению и освящению храма, но батюшка Серафим поручил это опытному уставщику архимандриту Иоакиму из Нижнего Новгорода, который специально составил службу и освятил храм именно 6/19 августа, на праздник Преображения Господня.
По заповеди преподобного, в храме Рождества Христова перед образом Спасителя горела и с 1992 года вновь зажжена неугасимая свеча. В алтаре сохранилась старинная фреска, изображающая Спасителя в окружении Ангелов. Повторно храм был освящен в 1993 году.
Вскоре после освящения храма Рождества Христова преподобный Серафим призвал к себе Михаила Васильевича Мантурова и встретил его словами: «Худо мы, батюшка, с тобой сделали; ведь мы храм-то во имя Рождества Спасителя выстроили, а во имя Богородицы церкви-то у нас с тобой и нет! А Царица-то Небесная, батюшка, прогневалась на меня, убогого Серафима, и говорит: «Сына Моего почтил, а Меня позабыл!» Так вот что и удумал я, батюшка, нельзя ли внизу-то нам с тобою под церковью еще церковь сделать? Схлопочи-ка, батюшка, и будут у нас две церкви с тобою...»
Преподобный дал нитку для мерки, и Михаил Васильевич принялся за работу. Пришлось подкопать землю, подкоп пришелся как раз по мерке. Так как свод потолка был очень полог и низок, необходимо было поставить четыре каменных столба, чтобы он смог держаться. Когда же Михаил Васильевич доложил об этом батюшке, отец Серафим преисполнился неизреченной радостью и в духовном восторге воскликнул: «Во-во, радость моя! Четыре столба — четверо мощей... Четыре столба — ведь это значит четверо мощей у нас тут почивать будут! И это усыпальница мощей будет у нас, батюшка! Вот, радость-то нам какая!»
Церковь была освящена 8/21 сентября 1830 года, в праздник Рождества Пресвятой Богородицы, и являлась вторым храмом Мельничной обители. Повторно церковь освящена 21 октября 1992 года.
В 1991 году, после многолетнего перерыва, опять зажглась неугасимая лампада, и с этого времени день и ночь сестрами читается неусыпаемая Псалтирь.
После постройки Рождественских церквей преподобный Серафим поручил Елене Васильевне Мантуровой купить участок земли недалеко от Казанской церкви. Брату ее, Михаилу Васильевичу, батюшка завещал хранить эту землю, несмотря ни на какие обстоятельства. Она была предназначена для постройки пятиглавого собора, о котором преподобный восклицал: «Собор-то какой у нас будет! Диво!... Куда лучше Саровского и будут они нам завидовать!»