В 1564 г.,
в ночь с чудотворцовой памяти, т. е. с 25 на 26 сентября, случился в монастыре большой пожар, причем до такой степени погорели всякие запасы на обиход монастырский, что не досталось братиям ни на один день запаса снедного.В 1586 г.
(8 июля) посетил монастырь Антиохийский патриарх Иоаким (первый из Греческих патриархов, приезжавший в Россию).В 1583 г.
посетил монастырь (пробыв в нем 5–10 февраля месяца) Константинопольский патриарх Иеремия.В 1594 г.
царем Федором Ивановичем было вызвано в Троицкий монастырь несколько старцев Соловецкого монастыря для улучшения, как нужно думать, в Троицком монастыре порядков жизни и ведения хозяйства.В 1606 г.
Троицкий монастырь принимал в своих стенах мощи царевича Димитрия, когда их перенесли из Углича в Москву (в которую перенесены были 3 июня).В том же 1606 г. перенесены были в монастырь из Москвы и погребены в паперти Успенского собора тела Бориса Феодоровича Годунова, его супруги Марии Григорьевны и его сына Феодора.
С 23 сентября 1608 г. по 12 января 1610 г.
монастырь выдерживал знаменитую осаду от поляков.После освобождения от осады монастырь в лице архимандрита Дионисия и отчасти келаря Аврамия Палицына принимал деятельное и доблестное участие в освобождении от поляков отечества и оказывал свою усердную помощь разоренным и избитым поляками жителям Москвы и ее окрестностей.
В 1612 г.
князь Дмитрий Михайлович Пожарский и Кузьма Минин, шедшие на освобождение Москвы от поляков, пробыли с своим ополчением в Троицком монастыре пять дней (с 14 по 18 августа).В 1613 г.,
в конце апреля месяца, Михаил Феодорович, идя из Костромы в Москву для занятия царского престола, пробыл в монастыре около недели.В течение 1616–1618 гг.
архимандрит Дионисий по поручению государя занимался с товарищами исправлением требника и других богослужебных книг, за что, по устроенной против него интриге, вместо благодарности подвергся страданиям.В ноябре 1618 г.
монастырь подвергался опасности новой осады от королевича Владислава, а 1 декабря сего года был заключен мир между Россией и Польшей в принадлежавшем монастырю и находящемся от него в 3 верстах селе (тогда еще бывшем деревней) Деулине.В 1613 г.
(в июле – августе месяце) посетил монастырь Иерусалимский патриарх Феофан.В 1641 г.,
вследствие доноса некоторых монахов монастыря или его слуг (о которых несколько ниже) на монастырские власти, государь приказал произвести обстоятельный досмотр монастыря и его имущества назначенной им комиссии из окольничего, дворянина и двух дьяков, каковой досмотр был начат 1 сентября нашего года, продолжался около трех лет. Составленная комиссией подробная опись монастыря и его имущества, представляющая собой листовую рукопись в 882 листа, до сих пор хранится в лаврской ризнице.В 1643 г.
(по весне) посетил монастырь Иерусалимский патриарх Паисий.В 1652 г.
(4 июля) Троицкий монастырь принимал в своих стенах мощи св. митрополита Филиппа, везенные Никоном из Соловков в Москву.В 1653 г.
(в июне месяце) посетил монастырь Константинопольский патриарх Афанасий Пателарий (по месту кончины – Афанасий Лубенский).В 1655 г.
посетили монастырь Антиохийский патриарх Макарий (после Троицына дня) и Сербский патриарх Гавриил (вместе с Макарием или вслед за ним).В 1668 г.
(во второй половине апреля месяца) посетили монастырь Александрийский патриарх Паисий и (вторично) Антиохийский патриарх Макарий.В 1689 г.,
ночью с 7 на 8-е августа, царь Петр Алексеевич ускакал к Троице из села Преображенского от злоумышления на его жизнь царевны Софьи и стрельцов и оставался в Лавре до 6 октября, пока не были казнены виновные и София не была заключена в монастырь.1 октября 1742 г.
была открыта в Лавре семинария (учрежденная в следствие указа императрицы Анны Иоанновны от 21 сентября 1738 г.).В 1746 г.,
17 мая, случился в Лавре очень большой пожар, в котором погибла весьма значительная часть монастырского архива.В 1812 г.
во время занятия Москвы французами (с 2 сентября по 11 октября) Лавра подвергалась опасности быть разграбленной от неприятелей, но заступлением Преподобного Сергия избежала этой опасности. Отряду войска, стоявшему в Дмитрове, который находится от монастыря в 40 верстах, был отдан приказ идти на Лавру. Но приказ состоялся перед выступлением Наполеона из Москвы (который вышел с гвардией 6 октября), и отряд вместо того, чтобы идти на Лавру, поспешил (2 октября) в столицу на соединение с главной армией.В 1814 г.
была переведена из Москвы в Лавру академия, которая и была открыта в ней 1 октября этого года, заменив собою бывшую в ней семинарию.