Весь роман в первоначальном варианте увидел свет на страницах журнала «Nouvelle France» в декабре 1880 — январе 1881 г. В апреле 1881 г. он вышел отдельной книгой в издательстве Кальман-Леви и вскоре удостоился академической премии. Однако Франс не прекращал работы над уже опубликованным и имевшим успех произведением. В издание 1902 г., «пересмотренное и исправленное», он внес значительные, по сравнению с первым изданием, изменения, исключил некоторые эпизоды, изменил характеристики (например, смягчил высказывание студента Жели об историке Мишле). Вторая часть романа, прежде озаглавленная «Дочь Клементины», теперь получила новое название: «Жанна Александр», а сама героиня сделалась уже не дочерью Клементины, былой возлюбленной Сильвестра Бонара, а ее внучкой. Благодаря этому изменению двусмысленное истолкование участия, которое старый академик принимает в судьбе девочки, делается еще более нелепым.
Время показало, что первый роман Франса остался дорог ему до конца жизни. В 1918 г. в соавторстве с Пьером Фронде он пишет пьесу «Преступление Бонара», обращаясь все к тому же сюжету. Незадолго до смерти, в 1923 г., готовя новое издание романа, он снова перерабатывает его: меняет последовательность отдельных событий, приближает время действия к современности. Теперь последняя запись в дневнике Сильвестра Бонара помечена не 1869 г., как было в прежних изданиях, а 1882 г. Получается, что сатирическим изображением пансиона мадемуазель Префер и нелепостей законодательства автор метит не во Вторую империю, как было прежде, а в порядки буржуазно-республиканской Франции.
Вскоре после выхода в свет первого французского издания «Преступление Сильвестра Бонара» начали издавать в других странах. Первое отдельное издание на русском языке появилось в 1899 г. в Петербурге. В советское время роман Франса выходил шесть раз в разных переводах, в том числе дважды в собраниях сочинений А. Франса.