Несмотря на густую сеть косвенных улик, сомкнувшихся вокруг профессора Вебстера, обвинение уперлось в идентификацию останков, и окончательные выводы могли быть основаны на результатах анализа искусственных зубов. И здесь показания дал доктор Натан Кип, бывший другом и обвиняемому, и убитому. Он сам делал зубы доктору Паркману. В доказательство он предъявил форму для отливки и показал, что найденные зубы к ней подходят. При этом он расплакался, так как понимал, что эта улика означает смерть для подсудимого.
Потом выступали соседи, друзья и коллеги профессора Вебстера и рассказывали о его добром характере. Ему было уже почти шестьдесят, все его уважали, если и не очень любили, и присяжным было слишком трудно поверить в его виновность.
Среди тех, кто его характеризовал, был Джералд Спаркс, президент Гарвардского университета. Оливер Венделли Холмс свидетельствовал в пользу обвинения. Он читал лекцию по анатомии над комнатой профессора Вебстера во время встречи последнего с доктором Паркманом. Профессору Вебстеру разрешили сделать заявление для присяжных, и он неосмотрительно принял это предложение. Он говорил примерно пятнадцать минут, упрекая собственную защиту и обращаясь к деталям обвинения. Обращение верховного судьи Шоу к присяжным стало потом знаменитым. Его часто цитируют в современных судах, особенно если дело касается характера и значения косвенных улик. Ведь никто не видел их вместе во время убийства!
На одиннадцатый день процесса, к вечеру, присяжные покинули зал заседаний и через три часа вернулись с вердиктом «виновен». Профессора Вебстера приговорили к смерти, но по его поводу делались обычные апелляции. Когда заявление об ошибочном приговоре было отклонено, профессор обратился к губернатору и в Верховный суд и в самых официальных выражениях заявил о своей невиновности. Там были подобные замечательные фразы: «К тому, кто скрывается от наших глаз и перед кем я уже давно мог предстать, я обращаю свои правдивые слова…» и «Официально и с абсолютной уверенностью, с полной ответственностью человека и христианина, я заявляю о своей невиновности, и Властитель всех сердец мне свидетель…».
Через несколько недель его протест отклонили, и несчастный написал длинное заявление, признавшись в убийстве, но утверждая, что оно было неумышленным. Профессор Вебстер описал свой телефонный звонок к Паркману в пятницу утром и их последующую встречу в колледже. Он писал: