Снятие В. Баранникова с должности министра безопасности (кстати, под явно надуманным предлогом — «недостатки» в руководстве погранвойсками) и частичное переподчинение войск Министерства безопасности (МБР) и МВД — Министерству обороны, а спецгрупп «Альфа» и «Вымпел» — Главному управлению охраны (ГУО), привело ряд аналитиков к мнению, что Ельцин «готовится к чему-то серьезному и поэтому пытается поставить МБР под свой личный контроль».
Надо отметить, что в российской печати много писалось о том, что Баранников был снят в связи с тем, что пришел к выводу (или дал себя убедить), что политика Ельцина наносит «ущерб национальным интересам России». И якобы вступил в тайный союз с Хасбулатовым. Чушь какая-то! И далее — по якобы аналогичном причинам был ранее снят с должности и «человек № 2» в МВД — генерал Дунаев. На деле же все было иначе — я бывал часто недоволен Баранниковым и публично делал замечания в адрес его «ведомства». А о какой-то «близости» Дунаева к руководству парламента и речи не могло идти. Они оба, так же как и многие другие, пали жертвой подозрительности Ельцина. И оба «побежали» в парламент с жалобами на президента, находя в некоторых депутатах «сочувствие». Это, в свою очередь, воспринималось в Кремле как нечто серьезное — видимо, там стали бояться уже собственной тени.
Подготовка к мятежу осуществлялась через разгром органов безопасности, удаление профессионального ядра из его состава, уже потерявших былой профессионализм после августа 1991 года (большинство профессиональных чекистов были уволены, либо они сами ушли из «конторы»). Одновременно расширялась сфера действия Главного управления охраны президента (ГУО), и численность людей в этом управлении возросла до многих тысяч — офицеров. Убрав Баранникова, Ельцин специально решил не спешить с назначением нового министра, оставив Галушко «исполняющим обязанности» — любимый метод секретарей обкомов партии в прошлом: «подвесить» человека в неопределенном состоянии.
Демонстративные посещения в последние месяцы Б. Ельциным воинских частей (как раз тех, которые были непосредственно затем задействованы в расстреле парламента) укрепили меня в мысли о готовящемся государственном перевороте. Да и не только меня — многих других парламентариев, моих военных советников, независимых наблюдателей. Показательно, что проправительственная пресса их тогда высмеивала: у страха, мол, глаза велики. Даже Филатов, мой бывший зам, оскорбительно прокомментировал мои предупреждения относительно наличия заговора в Кремле против Конституции. «Известный генерал» Дмитрий Якубовский, друг генерала Кобеца, Шумейко, адвоката Макарова и прочих, сообщил, что еще «в июле был разработан план, в соответствии с которым Хасбулатов должен быть устранен с политической арены до ноября». А за несколько дней до объявления Указа № 1400 работникам силовых министерств, а заодно и президентской охране «вдруг» повысили зарплату — почти в два раза.
По словам пресс-секретаря президента Вячеслава Костикова, к 21 сентября вся «заговорщическая работа» быта завершена, «
— ряд московских клиник получил предписание подготовить койки и средства для приема возможных пострадавших. В тот же день МВД бросили еще одну (после повышения зарплаты) «кость» — правительство приняло постановление об «усилении патрулирования» с привлечением военнослужащих (34 тыс. человек), а также увеличении штата МВД на 45 тыс. человек и о возрождении народных дружин (чего милиция давно добивалась). Минфину было дано указание изыскать средства на содержание новых 45 тыс. милиционеров. Одновременно с этим был введен порядок, в соответствии с которым с будущего (1994 г.) 70 тыс. призывников будут направляться на комплектование Внутренних войск. Для патрульно-постовой службы выделяются специальные помещения, планируют строить мини-городки для работников МВД. Наконец, создаются оперативные группы по контролю над рынками, «толкучками» и вообще — местами торговли товарами народного потребления и сельскохозяйственными продуктами». А это — возможность для обогащения целого слоя полицейской бюрократии. Так закладывались элементы которые разрастаясь, усиливали полицейско-бюрократические начала в государстве, душили фрагменты гражданского общества, способствовали ускоренному развитию начал военно-полицейского государства.